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万見
- PDB-2k5s: YmoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k5s
タイトルYmoA
要素Modulating protein ymoA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / PROTEIN / DNA-binding
機能・相同性HHA / Haemolysin expression modulating, HHA / HHA superfamily / Haemolysin expression modulating protein / Monooxygenase / Up-down Bundle / DNA binding / Mainly Alpha / Modulating protein YmoA
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者McFeeters, R.L. / Byrd, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: The high-precision solution structure of Yersinia modulating protein YmoA provides insight into interaction with H-NS
著者: McFeeters, R.L. / Altieri, A.S. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Byrd, R.
履歴
登録2008年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年12月9日ID: 2JVP
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modulating protein ymoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8311
ポリマ－8,8311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Modulating protein ymoA / Histone-like protein


分子量: 8831.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: ymoA, hha, YPO3138, y1046, YP_0793 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3X0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HCACO
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
191Jmod-NH
1101Jmod-HaCa
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
113115N T1
114115N T2
1152Jmod-NH
1162Jmod-HaCa

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] YmoA, 50 mM Sodium Phosphate, 150 mM NaCl, 5 mM DTT, 95 % H2O, 5 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] YmoA, 50 mM Sodium Phosphate, 150 mM NaCl, 5 mM DTT, 95 % H2O, 5 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMYmoA[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMSodium Phosphate1
150 mMNaCl1
5 mMDTT1
95 %H2O1
5 %D2O1
1 mMYmoA[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMSodium Phosphate2
150 mMNaCl2
5 mMDTT2
95 %H2O2
5 %D2O2
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2363 / Protein phi angle constraints total count: 51 / Protein psi angle constraints total count: 51
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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