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- PDB-2k57: Solution NMR Structure of Putative Lipoprotein from Pseudomonas s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k57
タイトルSolution NMR Structure of Putative Lipoprotein from Pseudomonas syringae Gene Locus PSPTO2350. Northeast Structural Genomics Target PsR76A.
要素Putative Lipoprotein
キーワードstructural genomics / unknown function / putative lipoprotein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF903 / : / Bacterial protein of unknown function (DUF903) / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsputative lipoprotein truncated lipo-box
データ登録者Hang, D. / Aramini, J.A. / Rossi, P. / Wang, D. / Jiang, M. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Hang, D. / Aramini, J.A. / Rossi, P. / Wang, D. / Jiang, M. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Putative Lipoprotein from Pseudomonas syringae Gene Locus PSPTO2350. Northeast Structural Genomics Target PsR76A.
著者: Rossi, P. / Aramini, J.A. / Hang, D. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年6月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1691
ポリマ－7,1691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Putative Lipoprotein


分子量: 7168.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (バクテリア)
生物種: syringae / 遺伝子: PSPPH_2109 / プラスミド: pET 21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q48JU9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC CT ARO
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CA)CO
1813D 1H-13C -15N SIM NOESY
191N15-T1
1101N15- T2(CPMG)
11113J NHHA
11213D (H)CCH-COSY
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D CCH- TOCSY
11513D CC(CO)NH-TOCSY
11612D 1H
117115N HETNOE
11812D 1H-13C HSQC STEREO
NMR実験の詳細Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION ...Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA2.1. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL BACKBONE 98.2%, SIDECHAIN 91.0%, AROMATIC (SC) 55.6%, VL METHYL STEREOSPECIFIC 100%, UNAMBIGUOS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 1027 NOE, 133 DIHE. MAX NOE VIOLATION: 0.14 A (1MODEL); MAX DIHE VIOLATION: 3.1 DEG. 2 TOTAL CLOSE ORDERED RESIDUES RANGES: 1-71 FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8. SECONDARY STRUCTURE - BETA STRANDS: (8-17, 20-26, 29-33, 51- 60, 65-70). RMSD 0.4 BACKBONE, 0.7 ALL HEAVY ATOMS. RAMA. CLASH: 11.98/-0.53 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES PRECISION: 0.92, F-MEASURE: 0.95, DP-SCORE: 0.799.

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試料調製

詳細内容: 1.07 MM [U-100% 13C 15N] PSR76A, 50 UM DSS, 10 MM DTT, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 20 MM MES, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 90% H2O/10% D2O; 1.07 MM [5% 13C; U-100% 15N] PSR76A, 50 ...内容: 1.07 MM [U-100% 13C 15N] PSR76A, 50 UM DSS, 10 MM DTT, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 20 MM MES, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 90% H2O/10% D2O; 1.07 MM [5% 13C; U-100% 15N] PSR76A, 50 UM DSS, 10 MM DTT, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 20 MM MES, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.07 mMPsR76A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS1
10 mMDTT1
100 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
20 mMMES1
5 mMcalcium chloride1
1.07 mMPsR76A[5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS2
10 mMDTT2
100 mMsodium chloride2
0.02 %sodium azide2
20 mMMES2
5 mMcalcium chloride2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES精密化
CYANA2.1構造決定
AutoAssign2.4.0構造決定
NMRPipe構造決定
TopSpin2.1構造決定
Sparky3.113構造決定
TALOS構造決定
RPF(AUTOSTRUCTURE)2.2.1構造決定
MOLMOL構造決定
PSVS構造決定
PdbStat5構造決定
MolProbity構造決定
PROCHECK構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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