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- PDB-2k50: Solution NMR Structure of the replication Factor A Related Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k50
タイトルSolution NMR Structure of the replication Factor A Related Protein from Methanobacterium thermoautotrophicum. Northeast Structural Genomics Target TR91A.
要素Replication factor A related protein
キーワードstructural genomics / unknown function / uncharacterized protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cell division control protein 24, OB domain 3 / Cell division control protein 24, OB domain 3 / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold ...Cell division control protein 24, OB domain 3 / Cell division control protein 24, OB domain 3 / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rossi, P. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Everett, J.K. / Jiang, M. ...Rossi, P. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Everett, J.K. / Jiang, M. / Nair, R. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the replication Factor A Related Protein from Methanobacterium thermoautotrophicum. Northeast Structural Genomics Target TR91A.
著者: Rossi, P. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年6月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication factor A related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1701
ポリマ－13,1701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Replication factor A related protein


分子量: 13170.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
属: Methanobacterium / 生物種: thermoautotrophicum
解説: experssion media: MJ9 100%N15 5%C13 and MJ9 100%N15 100%C13
遺伝子: MTH1385, MTH_1385 / プラスミド: pET 21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: O27438

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D HNCO
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-COSY
1913D CCH-TOCSY
11013D HBHA(CO)NH
11113D HN(CA)CO
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
11422D 1H-15N HSQC
11522D 1H-13C HSQC
11622D HET NOE
1172Pseudo 2D T1
1182Pseudo 2D T2 (CPMG)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TR91A, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 100 mM DTT, 5 mM Calcium Chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.33 mM U-100% 15N, 5 % 13C TR91A, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 100 mM DTT, 5 mM Calcium Chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.25 mMTR91A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES1
100 mMsodium chloride1
100 mMDTT1
5 mMCalcium Chloride1
0.02 %sodium azide1
1.33 mMTR91AU-100% 15N, 5 % 13C2
20 mMMES2
100 mMsodium chloride2
100 mMDTT2
5 mMCalcium Chloride2
0.02 %sodium azide2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
RPF(AutoStructure)Huang, Tejero, Powers and Montelione構造検証
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichvisualization
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Tho構造検証
MolProbityRichardson構造検証
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: To be used for REMARK 210: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2 (MS) = 842.8/71.47, TAUC = 10.6(NS) CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT. STRUCTURE ...詳細: To be used for REMARK 210: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2 (MS) = 842.8/71.47, TAUC = 10.6(NS) CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA2.1. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (EXCLUDING C-TERM TAG): BACKBONE 94.53%, SIDECHAIN 88.01%, AROMATIC (SC) 95.83%, VL METHYL STEREOSPECIFIC 100%, UNAMBIGUOS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 1945 NOE, 214 DIHE. MAX NOE VIOLATION: 0.23 A (1MODEL); MAX DIHE VIOLATION: 6.9 DEG. 2 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES: 8-36, 40-84, 91-104 FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8. SECONDARY STRUCTURE - BETA STRANDS: (18-28, 32-33, 43-51, 54-61, 76-84, 93-96, 102-105). RMSD 0.4 BACKBONE, 0.8 ALL HEAVY ATOMS. RAMA. DISTRIBUTION: 91.3/8.6/0.1/0.0. PROCHECK (PSI-PHI): -0.61/-2.08 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.33/-1.95 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 18.22/-1.60 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.93, PRECISION: 0.90, F-MEASURE: 0.92, DP-SCORE: 0.79.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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