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万見
- PDB-2k4c: tRNAPhe-based homology model for tRNAVal refined against base N-H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4c
タイトルtRNAPhe-based homology model for tRNAVal refined against base N-H RDCs in two media and SAXS data
要素76-MER
キーワードRNA / tRNAVal / RDC / SAXS / NCS
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Grishaev, A. / Ying, J. / Canny, M.D. / Pardi, A. / Bax, A.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2008
タイトル: Solution structure of tRNAVal from refinement of homology model against residual dipolar coupling and SAXS data.
著者: Grishaev, A. / Ying, J. / Canny, M.D. / Pardi, A. / Bax, A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2007
タイトル: Magnetic field induced residual dipolar couplings of imino groups in nucleic acids from measurements at a single magnetic field
著者: Ying, J. / Grishaev, A. / Latham, M. / Pardi, A. / Bax, A.
履歴
登録2008年6月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年6月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair ...entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 76-MER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4841
ポリマ－24,4841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 3structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 76-MER


分子量: 24483.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: sample is uniformly 15N labeled / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 1845291569

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N TROSY-HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N TROSY-HSQC
1412D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 15N] RNA (76-MER), 10 mM sodium phosphate, 80 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.41 mM [U-100% 15N] RNA (76-MER), 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride, 0.1 mM EDTA, 100% H2O100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMRNA (76-MER)[U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphate1
80 mMsodium chloride1
5 mMmagnesium chloride1
0.1 mMEDTA1
0.41 mMRNA (76-MER)[U-100% 15N]2
10 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
5 mMmagnesium chloride2
0.1 mMEDTA2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.155 6.8 ambient atm298 K
20.225 7.0 ambient atm298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.9.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: tRNAVal solution structure is obtained by refinement of the tRNAPhe based homology model against RDC data (base N-H RDCs) from Pf1 and self-alignment (MSA), and SAXS data. Totals of 24 Pf1 ...詳細: tRNAVal solution structure is obtained by refinement of the tRNAPhe based homology model against RDC data (base N-H RDCs) from Pf1 and self-alignment (MSA), and SAXS data. Totals of 24 Pf1 RDCs and 20 MSA RDcs were fitted. During the refinement, the local geometry was kept close to the tRNAPhe based homology model using a set of non-crystallographic symmetry restraint terms. The NCS potentials included: 70 sequential i/i+1 terms and 34 additional terms for base pairs and triplets. The experimental SAXS data between q=0.03 and 0.35 A^-1 were fitted as well.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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