[日本語] English
万見
- PDB-2k3w: NMR structure of VPS4A-MIT-CHMP6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3w
タイトルNMR structure of VPS4A-MIT-CHMP6
要素
  • Charged multivesicular body protein 6
  • Vacuolar protein sorting-associating protein 4A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ESRCT-III / CHMP6 / MIT / ATP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Transport / Coiled coil / Endosome / Lipoprotein / Myristate
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle uncoating / ESCRT complex disassembly / actomyosin contractile ring contraction / ESCRT III complex assembly / endosomal vesicle fusion / late endosomal microautophagy / mitotic cytokinesis checkpoint signaling / positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / negative regulation of cytokinesis / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway ...vesicle uncoating / ESCRT complex disassembly / actomyosin contractile ring contraction / ESCRT III complex assembly / endosomal vesicle fusion / late endosomal microautophagy / mitotic cytokinesis checkpoint signaling / positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / negative regulation of cytokinesis / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular cholesterol transport / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / nuclear envelope organization / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / mitotic nuclear membrane reassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / vacuole organization / vesicle budding from membrane / positive regulation of exosomal secretion / midbody abscission / protein targeting to lysosome / membrane fission / plasma membrane repair / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body membrane / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / vesicle-fusing ATPase / vacuolar membrane / endosomal transport / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / ATPase complex / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / regulation of protein catabolic process / viral release from host cell / autophagosome membrane / autophagosome maturation / Pyroptosis / nuclear pore / regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / multivesicular body / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / kinetochore / autophagy / spindle pole / late endosome membrane / late endosome / protein transport / regulation of protein localization / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / lysosomal membrane / cell division / centrosome / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Snf7 family ...Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Snf7 family / Snf7 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Charged multivesicular body protein 6 / Vacuolar protein sorting-associated protein 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kieffer, C. / Skalicky, J.J. / Morita, E. / De Domini, I. / Ward, D.M. / Kaplan, J. / Sundquist, W.I.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: Two distinct modes of ESCRT-III recognition are required for VPS4 functions in lysosomal protein targeting and HIV-1 budding
著者: Kieffer, C. / Skalicky, J.J. / Morita, E. / De Domenico, I. / Ward, D.M. / Kaplan, J. / Sundquist, W.I.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associating protein 4A
B: Charged multivesicular body protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7002
ポリマ－11,7002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associating protein 4A / Protein SKD2 / hVPS4 / VPS4-1


分子量: 9865.304 Da / 分子数: 1 / 断片: MIT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS4A, VPS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UN37
#2: タンパク質・ペプチド Charged multivesicular body protein 6 / Chromatin-modifying protein 6 / Vacuolar protein sorting-associated protein 20 / hVps20


分子量: 1835.034 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 166-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP6, VPS20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96FZ7

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D C(CO)NH
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D HN(CO)CA
1713D (H)CCH-COSY
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11223D CBCA(CO)NH
11323D C(CO)NH
11423D HNCA
11523D HN(CA)CB
11623D HBHA(CO)NH
11723D HN(CO)CA
11823D H(CCO)NH
11923D (H)CCH-TOCSY
12023D (H)CCH-COSY
12123D 1H-15N NOESY
12223D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1.8 mM peptide, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] peptide, 1.55 mM protein, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.4 mMentity_1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.8 mMentity_21
25 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
1 mMEDTA1
10 %D2O1
1.22 mMentity_2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.55 mMentity_12
25 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
1 mMEDTA2
10 %D2O2
試料状態イオン強度: 75 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る