[日本語] English
万見
- PDB-2k33: Solution structure of an N-glycosylated protein using in vitro gl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k33
タイトルSolution structure of an N-glycosylated protein using in vitro glycosylation
要素AcrA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / glycoprotein / N-glycan / glycosylation
機能・相同性: / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / transmembrane transporter activity / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / response to antibiotic / membrane / CmeA
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法溶液NMR / distance geometry
Model detailsAcrA(61-210DD) glycosylated by N-glycan from C. jejuni
データ登録者Slynko, V. / Schubert, M. / Numao, S. / Kowarik, M. / Aebi, M. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: NMR structure determination of a segmentally labeled glycoprotein using in vitro glycosylation.
著者: Slynko, V. / Schubert, M. / Numao, S. / Kowarik, M. / Aebi, M. / Allain, F.H.
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AcrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1732
ポリマ－12,7481
非ポリマー1,4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 AcrA


分子量: 12748.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: cmeA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: Q8RTE5
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-4)- ...2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-[beta-D-glucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2,4-bisacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1424.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122m-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*NCC/3=O][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2-3-2-2/a3-b1_b4-c1_c4-d1_d3-e1_d4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1,6-deoxy-GlcpNAc4NAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(4+1)][a-D-GalpNAc]{[(4+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}[(4+1)][a-D-GalpNAc]{[(4+1)][a-D-GalpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: AcrA(61-210DD) glycosylated by N-glycan from C. jejuni
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1512D 1H-1H NOESY
1632D 1H-1H NOESY
1723D CBCA(CO)NH
1823D HNCA
1923D HN(CO)CA
11043D (H)CCH-TOCSY
11123D 1H-13C NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11342D 13C filtered-filtered NOESY
11412D 15N filtered-filtered NOESY
11543D 13C edited-filtered NOESY
11642D 13C filtered-edited NOESY
11742D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] AcrA, 1 mM SUGAR (7-MER), 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AcrA, 1 mM SUGAR (7-MER), 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-100% 15N] AcrA, 1 mM SUGAR (7-MER), 50 mM potassium phosphate, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AcrA, 1 mM SUGAR (7-MER), 50 mM potassium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1[U-100% 15N]1
1 mMSUGAR (7-MER)1
50 mMpotassium phosphate1
1 mMentity_1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMSUGAR (7-MER)2
50 mMpotassium phosphate2
1 mMentity_1[U-100% 15N]3
1 mMSUGAR (7-MER)3
50 mMpotassium phosphate3
1 mMentity_1[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1 mMSUGAR (7-MER)4
50 mMpotassium phosphate4
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7503
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る