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万見
- PDB-2k31: Solution Structure of cGMP-binding GAF domain of Phosphodiesterase 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k31
タイトルSolution Structure of cGMP-binding GAF domain of Phosphodiesterase 5
要素Phosphodiesterase 5A, cGMP-specific
キーワードHYDROLASE / cyclic nucleotide phosphodiesterase / PDE5 / GAF domain / cGMP
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP effects / RHOBTB1 GTPase cycle / cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP metabolic process / positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Smooth Muscle Contraction ...cGMP effects / RHOBTB1 GTPase cycle / cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP metabolic process / positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of cardiac muscle contraction / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / oocyte development / relaxation of cardiac muscle / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. ...GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Heikaus, C.C. / Stout, J.R. / Sekharan, M.R. / Eakin, C.M. / Rajagopal, P. / Brzovic, P.S. / Beavo, J.A. / Klevit, R.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Solution Structure of the cGMP Binding GAF Domain from Phosphodiesterase 5: Insights into Nucleotide Selectivity, Dimerization, and cGMP-Dependent Conformational Change.
著者: Heikaus, C.C. / Stout, J.R. / Sekharan, M.R. / Eakin, C.M. / Rajagopal, P. / Brzovic, P.S. / Beavo, J.A. / Klevit, R.E.
履歴
登録2008年4月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase 5A, cGMP-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3142
ポリマ－19,9681
非ポリマー3451
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phosphodiesterase 5A, cGMP-specific


分子量: 19968.471 Da / 分子数: 1 / 断片: CGMP-BINDING GAF DOMAIN (UNP residues 154-320) / 変異: A295E, I302E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pde5a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star
参照: UniProt: Q0VBW0, UniProt: Q8CG03*PLUS, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-35G / GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1242D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1433D HNCO
1533D HNCA
1633D HN(CA)CB
1733D CBCA(CO)NH
1843D (H)CCH-COSY
1933D HN(COCA)CB
11043D (H)CCH-TOCSY
11143D 1H-15N NOESY
11263D 1H-13C NOESY
11333D HN(CO)CA
11452D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 - 1.2 mM GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE, 0.5 - 1.2 mM mPDE5_GAFA, 150 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 1-5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 - 1.2 mM GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE, 0.5 - 1.2 mM [U-100% 15N] mPDE5_GAFA, 150 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 1-5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 - 1.2 mM GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE, 0.5 - 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] mPDE5_GAFA, 150 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 1-5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 - 1.2 mM GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE, 0.5 - 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mPDE5_GAFA, 150 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 1-5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.5 - 1.2 mM GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE, 0.5 - 1.2 mM [U-100% 15N] mPDE5_GAFA, 150 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 1-5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
60.5 - 1.2 mM GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE, 0.5 - 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mPDE5_GAFA, 150 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 1-5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMGUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE1
0.5 mMmPDE5_GAFA1
150 mMsodium chloride1
1 mMPMSF1
1 mMDTT1
0.1 mMEDTA1
25 mMsodium phosphate1
0.5 mMGUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE2
0.5 mMmPDE5_GAFA[U-100% 15N]2
150 mMsodium chloride2
1 mMPMSF2
1 mMDTT2
0.1 mMEDTA2
25 mMsodium phosphate2
0.5 mMGUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE3
0.5 mMmPDE5_GAFA[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]3
150 mMsodium chloride3
1 mMPMSF3
1 mMDTT3
0.1 mMEDTA3
25 mMsodium phosphate3
0.5 mMGUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE4
0.5 mMmPDE5_GAFA[U-100% 13C; U-100% 15N]4
150 mMsodium chloride4
1 mMPMSF4
1 mMDTT4
0.1 mMEDTA4
25 mMsodium phosphate4
0.5 mMGUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE5
0.5 mMmPDE5_GAFA[U-100% 15N]5
150 mMsodium chloride5
1 mMPMSF5
1 mMDTT5
0.1 mMEDTA5
25 mMsodium phosphate5
0.5 mMGUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE6
0.5 mMmPDE5_GAFA[U-100% 13C; U-100% 15N]6
150 mMsodium chloride6
1 mMPMSF6
1 mMDTT6
0.1 mMEDTA6
25 mMsodium phosphate6
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 圧: ambient atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA8004
Varian INOVAVarianINOVA9005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
ModelFreePalmerデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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