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- PDB-3lxx: Crystal structure of human GTPase IMAP family member 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lxx
タイトルCrystal structure of human GTPase IMAP family member 4
要素GTPase IMAP family member 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / structural genomics consortium / SGC / Coiled coil / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular membrane-bounded organelle / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase IMAP family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human GTPase IMAP family member 4
著者: Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase IMAP family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7955
ポリマ－27,3271
非ポリマー4684
水30617
1
A: GTPase IMAP family member 4
ヘテロ分子

A: GTPase IMAP family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,58910
ポリマ－54,6542
非ポリマー9358
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2230 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.266, 102.663, 100.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GTPase IMAP family member 4 / Immunity-associated protein 4 / Immunity-associated nucleotide 1 protein / IAN-1 / hIAN1


分子量: 27327.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIMAP4, IAN1, IMAP4, MSTP062 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9NUV9
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 25% PEG-3350, 0.25M sodium/potassium tartrate, 0.1M Hepes. 1:100 dispase was added, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B10.98013
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.97948
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2009年11月21日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2009年11月19日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980131
20.979481
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 11706 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.916 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.15-2.192.80.3564391.50673
2.19-2.233.40.44841.4482.9
2.23-2.274.20.3835281.49489.3
2.27-2.324.60.3035701.48593.1
2.32-2.375.20.2725611.37397.4
2.37-2.425.50.2645991.35798.7
2.42-2.4860.2295771.35899.8
2.48-2.556.40.26071.41299.5
2.55-2.626.60.1665961.398100
2.62-2.7170.1495951.37100
2.71-2.87.10.1326041.364100
2.8-2.927.20.1035991.61100
2.92-3.057.20.0936031.763100
3.05-3.217.30.0756101.909100
3.21-3.417.20.0636032.017100
3.41-3.677.10.0536112.208100
3.67-4.047.10.0516182.733100
4.04-4.617.10.0466252.94100
4.61-5.796.90.0456262.793100
5.79-206.30.0416513.1697.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→19.088 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.278 / WRfactor Rwork: 0.242 / SU B: 12.83 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 564 4.856 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.254 11614 96.864 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2---0.467 Å20 Å2
3----0.763 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1229 0 31 17 1277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.9971731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85432010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4415165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.79922.88945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0115197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3391510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5741.5833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1151.5345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1121312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8173441
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7784.5419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.2050.481420.33663586478.356
2.205-2.2650.42450.30568183287.26
2.265-2.3290.415340.29873481594.233
2.329-2.40.371420.26875380698.635
2.4-2.4770.356490.2771076399.476
2.477-2.5630.252290.25571574799.598
2.563-2.6580.316430.253680723100
2.658-2.7640.374320.267687719100
2.764-2.8840.31290.254630659100
2.884-3.0210.291300.251610640100
3.021-3.180.339260.252594620100
3.18-3.3680.239230.256555578100
3.368-3.5920.253180.225537555100
3.592-3.8690.192290.223491520100
3.869-4.220.249220.21472494100
4.22-4.690.283240.193409433100
4.69-5.3620.216180.246378396100
5.362-6.4410.424130.286330343100
6.441-8.6310.35190.31527128299.291
8.631-19.0880.26370.317820192.04
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1023 Å / Origin y: 36.3916 Å / Origin z: 11.1784 Å
111213212223313233
T0.0679 Å2-0.0281 Å20.0254 Å2-0.0404 Å2-0.0147 Å2--0.0591 Å2
L2.4764 °2-0.4899 °20.7444 °2-3.0016 °20.0434 °2--5.0453 °2
S0.0047 Å °-0.0388 Å °-0.0838 Å °-0.1177 Å °-0.0751 Å °0.2505 Å °0.341 Å °-0.3253 Å °0.0704 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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