PDB-2k2o: Solution Structure of the inner DysF domain of human myoferlin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k2o

タイトル

Solution Structure of the inner DysF domain of human myoferlin

要素

Myoferlin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Myoferlin / Muscular Dystrophy / DysF / Dysferlin / Limb-girdle / Alternative splicing / Membrane / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of neurotransmitter secretion / plasma membrane repair / blood circulation / centriolar satellite / muscle contraction / caveola / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Patel, P. / Harris, R. / Keep, N. / Driscoll, P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the inner DysF domain of myoferlin and implications for limb girdle muscular dystrophy type 2b.
著者: Patel, P. / Harris, R. / Geddes, S.M. / Strehle, E.M. / Watson, J.D. / Bashir, R. / Bushby, K. / Driscoll, P.C. / Keep, N.H.

履歴

登録	2008年4月7日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k2o.cif.gz	756.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k2o.ent.gz	632.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/2k2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/2k2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gej-2 2lk4-d 4fxt-5 3ejh-2 4gej-6 4gej-5 5ym6-2 4gej-9 1ap7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15718

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Myoferlin

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Myoferlin / Fer-1-like protein 3 分子量: 14195.440 Da / 分子数: 1 / 断片: inner DysF domain (UNP residues 923-1040) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FER1L3, KIAA1207, MYOF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NZM1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	2	2D 1H-15N HSQC
1	3	3	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D 1H-15N TOCSY
1	6	2	3D HNCA
1	7	2	3D HN(CO)CA
1	8	2	3D HN(CA)CB
1	9	2	3D CBCA(CO)NH
1	10	2	3D HNCO
1	11	2	3D HN(CA)CO
1	12	2	3D HA(CA)NH
1	13	2	3D HA(CACO)NH
1	14	3	2D 1H-13C HSQC
1	15	3	aro-HSQC
1	16	3	aro-TOCSY-HSQC
1	17	3	aro-NOESY-HSQC
1	18	3	3D (H)CCH-TOCSY
1	19	3	3D 1H-13C NOESY
1	20	1	IPAP
1	21	1	IPAP

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.3 mM [U-100% 15N] DysF, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DysF, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	1.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DysF, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.3 mM	DysF	[U-100% 15N]	1
20 mM	MES		1
100 mM	sodium chloride		1
1.3 mM	DysF	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
20 mM	MES		2
100 mM	sodium chloride		2
1.3 mM	DysF	[U-100% 13C; U-100% 15N]	3
20 mM	MES		3
100 mM	sodium chloride		3

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UnityPlus	Varian	UNITYPLUS	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CCPN_Analysis		CCPN	chemical shift assignment
CCPN_Analysis		CCPN	peak picking
CCPN_Analysis		CCPN	データ解析
TALOS		Cornilescu, Delaglio and Bax	protein dihedral angle backbone prediction
ProcheckNMR		Laskowski and MacArthur	データ解析
CNSSOLVE	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNSSOLVE	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Refinement in water

NMR constraints

NOE constraints total: 2810 / NOE intraresidue total count: 606 / NOE long range total count: 921 / NOE medium range total count: 316 / NOE sequential total count: 762

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)