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万見
- PDB-2k2e: Solution NMR structure of Bordetella pertussis protein BP2786, a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2e
タイトルSolution NMR structure of Bordetella pertussis protein BP2786, a Mth938-like domain. Northeast Structural Genomics Consortium target BeR31
要素Uncharacterized protein BP2786
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MTH938-like fold / COG03737 / DUF498 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Hypothetical Protein Mth938; Chain: A, / MTH938-like / NDUFAF3/Mth938 domain-containing protein / MTH938-like superfamily / Protein of unknown function (DUF498/DUF598) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Cort, J.R. / Ho, C.K. / Nwosu, C. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Cort, J.R. / Ho, C.K. / Nwosu, C. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of Bordetella pertussis protein BP2786, a Mth938-like domain.
著者: Cort, J.R. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2008年4月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein BP2786


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8741
ポリマ－16,8741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein BP2786


分子量: 16874.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
生物種: Bordetella pertussis / 株: Tohama I / NCTC 13251 / 遺伝子: BP2786 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7VV99

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1324D 1H-13C-13C-1H HMQC-NOESY
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D (H)CCH-COSY
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCO
1912D 1H-15N HSQC
11012D 1H-13C HSQC
11123D 1H-13C NOESY
11222D 1H-13C HSQC
11322D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
100 mMsodium chloride1
20 mMMES1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
5 mMcalcium chloride1
100 mMsodium chloride2
20 mMMES2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
5 mMcalcium chloride2
試料状態イオン強度: 135 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003
Varian INOVAVarianINOVA6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97Accelrys Software Inc.chemical shift assignment
Felix97Accelrys Software Inc.データ解析
Felix97Accelrys Software Inc.解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
PSVSBhattacharya and Montelionestructure analysis
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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