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万見
- PDB-2k2c: Solution NMR structure of N-terminal domain of human pirh2. North... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2c
タイトルSolution NMR structure of N-terminal domain of human pirh2. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target HT2A
要素RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc-binding protein / Cytoplasm / Metal-binding / Nucleus / Zinc-finger / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


error-free translesion synthesis / protein autoubiquitination / ubiquitin ligase complex / rescue of stalled ribosome / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion Synthesis by POLH / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...error-free translesion synthesis / protein autoubiquitination / ubiquitin ligase complex / rescue of stalled ribosome / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion Synthesis by POLH / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CHY-type / Zinc finger, CTCHY-type / Zinc finger, CHY-type superfamily / Zinc finger, CTCHY-type superfamily / RCHY1, zinc-ribbon / CHY zinc finger / Zinc-ribbon / Zinc finger CHY-type profile. / Zinc finger CTCHY-type profile. / Ring finger domain ...Zinc finger, CHY-type / Zinc finger, CTCHY-type / Zinc finger, CHY-type superfamily / Zinc finger, CTCHY-type superfamily / RCHY1, zinc-ribbon / CHY zinc finger / Zinc-ribbon / Zinc finger CHY-type profile. / Zinc finger CTCHY-type profile. / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wu, B. / Lemak, A. / Sheng, Y. / Karra, M. / Srisailam, S. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of Pirh2-mediated p53 ubiquitylation.
著者: Sheng, Y. / Laister, R.C. / Lemak, A. / Wu, B. / Tai, E. / Duan, S. / Lukin, J. / Sunnerhagen, M. / Srisailam, S. / Karra, M. / Benchimol, S. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2987
ポリマ－15,9051
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1 / Zinc finger protein 363 / CH-rich-interacting match with PLAG1 / Androgen receptor N-terminal- ...Zinc finger protein 363 / CH-rich-interacting match with PLAG1 / Androgen receptor N-terminal-interacting protein / p53-induced RING-H2 protein / hPirh2 / RING finger protein 199


分子量: 15905.239 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain: Residues 1-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCHY1, ARNIP, CHIMP, PIRH2, RNF199, ZNF363 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96PM5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D CBCA(CO)NH
1413D HBHA(CO)NH
1513D HNCA
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D CCH-TOCSY
11012D 1H-13C HSQC
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11313D aromatic 1H-13C NOESY
21423D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] N-terminal domain of human pirh2, 50 mM sodium phosphate, 150 mM potassium chloride, 10 uM Zncl2, 0.8 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] N-terminal domain of human pirh2, 50 mM sodium phosphate, 150 mM potassium chloride, 10 uM Zncl2, 0.8 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMN-terminal domain of human pirh2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphate1
150 mMpotassium chloride1
10 uMZncl21
0.8 mMDTT1
1 mMN-terminal domain of human pirh2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMsodium phosphate2
150 mMpotassium chloride2
10 uMZncl22
0.8 mMDTT2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1150 7 ambient 298 K
2150 7 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
ABACUSAlexander Lemak, Cherl H. Arrowsmithchemical shift assignment
ABACUSAlexander Lemak, Cherl H. Arrowsmith構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructure2.1.0Huang, Tejero, Powers and Montelione構造検証
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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