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- PDB-4ok7: Structure of bacteriophage SPN1S endolysin from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ok7
タイトルStructure of bacteriophage SPN1S endolysin from Salmonella typhimurium
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / Helical protein
機能・相同性: / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / chitinase activity / chitin catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / Lysozyme-like domain superfamily / hydrolase activity / Endolysin
機能・相同性情報
生物種Salmonella phage SPN1S (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, Y. / Lim, J. / Kong, M. / Ryu, S. / Rhee, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure of bacteriophage SPN1S endolysin reveals an unusual two-module fold for the peptidoglycan lytic and binding activity.
著者: Park, Y. / Lim, J.A. / Kong, M. / Ryu, S. / Rhee, S.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
C: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,52721
ポリマ－74,8143
非ポリマー1,71318
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5067
ポリマ－24,9381
非ポリマー5686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6028
ポリマ－24,9381
非ポリマー6657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4186
ポリマ－24,9381
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.616, 120.597, 126.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endolysin


分子量: 24937.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage SPN1S (ファージ)
遺伝子: SPC32N_026, SPN1S_0028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2D0G4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M Na citrate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 397049 / Num. obs: 64722 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.976.20.58763020.629197
1.97-2.056.20.4463190.672197.3
2.05-2.146.20.30663670.737197.7
2.14-2.256.20.24964230.773198.1
2.25-2.396.20.19263890.855198.3
2.39-2.586.20.14964810.949198.5
2.58-2.846.20.12364721.093198.7
2.84-3.256.20.09465521.246198.9
3.25-4.096.10.06866001.645199
4.09-505.70.06468172.226197.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 6404 9.6 %
Rwork0.2079 --
all-66687 -
obs-63532 95.3 %
溶媒の処理Bsol: 55.3604 Å2
原子変位パラメータBiso max: 102.67 Å2 / Biso mean: 24.8094 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.778 Å20 Å20 Å2
2--0.419 Å20 Å2
3---3.359 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5265 0 94 321 5680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2212
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1252.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6SO4.par
X-RAY DIFFRACTION7GOL.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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