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万見
- PDB-2k2a: Solution Structure of the Apo C terminal domain of Lethocerus tro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2a
タイトルSolution Structure of the Apo C terminal domain of Lethocerus troponin C isoform F1
要素Troponin C
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II complex / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF-hand domain pair / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lethocerus indicus (昆虫)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者De Nicola, G.F. / Kelly, G. / Bullard, B. / McCormick, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the Apo C-terminal domain of the Lethocerus F1 troponin C isoform.
著者: De Nicola, G.F. / Martin, S. / Bullard, B. / Pastore, A.
履歴
登録2008年3月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8491
ポリマ－7,8491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C


分子量: 7849.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lethocerus indicus (昆虫) / 遺伝子: tnC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q868D4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
3232D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
2423D 1H-15N NOESY
2522D 1H-15N HSQC
3633D (H)CCH-TOCSY
3733D 1H-13C NOESY
3833D CBCA(CO)NH
3933D HN(CO)CA
31033D HN(CA)CB
11113D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-99% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-99% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMprotein[U-99% 15N]1
100 mMsodium chloride1
20 mMTRIS1
0.4 mMprotein[U-99% 15N]2
100 mMsodium chloride2
20 mMTRIS2
0.4 mMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]3
100 mMsodium chloride3
20 mMTRIS3
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.16.8ambient atm298 K
20.16.8ambient atm288 K
30.16.8ambient atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
VNMRVariancollection
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structure were refined by molecular dynamics simulation in water using Aria 1.2
NMR constraintsNOE constraints total: 1311 / NOE intraresidue total count: 632 / NOE long range total count: 251 / NOE medium range total count: 149 / NOE sequential total count: 279 / Protein psi angle constraints total count: 28
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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