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万見
- PDB-4xp8: Structure of EtgA D60N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xp8
タイトルStructure of EtgA D60N mutant
要素EtgA protein
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan hydrolase
機能・相同性Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme-like domain superfamily / EtgA protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Burkinshaw, B.J. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of a Specialized Type III Secretion System Peptidoglycan-cleaving Enzyme.
著者: Burkinshaw, B.J. / Deng, W. / Lameignere, E. / Wasney, G.A. / Zhu, H. / Worrall, L.J. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EtgA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8861
ポリマ－9,8861
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.400, 31.400, 149.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 EtgA protein


分子量: 9886.001 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-104 / 変異: D60N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: etgA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7BUG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 % / 解説: diamond-shaped
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1M imidazole, pH 7.3, 20% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.9611
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.96111
反射解像度: 2.03→29.9 Å / Num. obs: 6064 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 41538
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.03-2.097.30.7583.235104810.8560.29899.5
8.85-29.94.80.04725.94771000.9970.02395.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.14データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.03→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.174 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 607 9.8 %RANDOM
Rwork0.2075 5584 --
obs0.2113 6064 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.91 Å2 / Biso mean: 39.846 Å2 / Biso min: 21.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.31 Å20 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数685 0 0 17 702
Biso mean---41.45 -
残基数----88
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.967946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9463.0041585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.0215.27890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.8527.24129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60815128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2942.53353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.272.523352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1823.778440
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 34 -
Rwork0.255 404 -
all-438 -
obs--99.55 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.045 Å / Origin y: 24.062 Å / Origin z: -9.554 Å
111213212223313233
T0.0346 Å2-0.0093 Å2-0.0059 Å2-0.0699 Å2-0.013 Å2--0.0043 Å2
L2.3654 °2-0.584 °20.2371 °2-3.3942 °2-0.4856 °2--5.6428 °2
S0.0821 Å °0.245 Å °-0.0724 Å °-0.2077 Å °-0.0296 Å °0.0465 Å °0.2403 Å °-0.0931 Å °-0.0525 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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