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万見
- PDB-2k1n: DNA bound structure of the N-terminal domain of AbrB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1n
タイトルDNA bound structure of the N-terminal domain of AbrB
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • AbrB family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AbrB / abrB8 / DNA bound / Transition State Regulator / DNA binding protein / Activator / DNA-binding / Repressor / Sporulation / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AbrB, C-terminal / AbrB C-terminal domain / : / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily ...AbrB, C-terminal / AbrB C-terminal domain / : / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator for transition stateprotein / Transition state regulatory protein AbrB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Synthetic Construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsN-terminal domain of the Transition State Regulator AbrB bound to a DNA target (abrB8)
データ登録者Cavanagh, J. / Bobay, B.G. / Sullivan, D.M. / Thompson, R.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Insights into the Nature of DNA Binding of AbrB-like Transcription Factors
著者: Sullivan, D.M. / Bobay, B.G. / Kojetin, D.J. / Thompson, R.J. / Rance, M. / Strauch, M.A. / Cavanagh, J.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (25-MER)
F: DNA (25-MER)
A: AbrB family transcriptional regulator
B: AbrB family transcriptional regulator
C: AbrB family transcriptional regulator
D: AbrB family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7226
ポリマ－40,7226
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7696.008 Da / 分子数: 1 / 変異: A10G / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic Construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7655.984 Da / 分子数: 1 / 変異: A10G / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic Construct (人工物)
#3: タンパク質
AbrB family transcriptional regulator / AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein / Transcriptional regulator for ...AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein / Transcriptional regulator for transition stateprotein / Transition state regulatory protein AbrB


分子量: 6342.559 Da / 分子数: 4 / Fragment: sequence database residues 3-57 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 生物種: subtilis
遺伝子: B4122_4520, B4417_1778, DFO69_4335, FAL52_19720, SC09_Contig28orf00381
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A0A063X7Z2, UniProt: P08874*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: N-terminal domain of the Transition State Regulator AbrB bound to a DNA target (abrB8)
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 15N] AbrBN55, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: AbrBN55 / Isotopic labeling: [U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 10 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
HADDOCK1.3Cyril Dominguez, Rolf Boelens and Alexandre M.J.J. Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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