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- PDB-2k0m: Solution NMR structure of the uncharacterized protein from Rhodos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0m
タイトルSolution NMR structure of the uncharacterized protein from Rhodospirillum rubrum gene locus Rru_A0810. Northeast Structural Genomics Target RrR43
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein DCL-like / Protein of unknown function (DUF3223) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DUF3223 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rossi, P. / Wang, H. / Jiang, M. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Liu, J. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Baran, M.C. / Rost, B. ...Rossi, P. / Wang, H. / Jiang, M. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Liu, J. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Baran, M.C. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the uncharacterized protein from Rhodospirillum rubrum gene locus Rru_A0810. Northeast Structural Genomics Target RrR43.
著者: Rossi, P. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8711
ポリマ－11,8711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 11870.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
生物種: Rhodospirillum rubrum / 株: NCIB 8255 / 遺伝子: Rru_A0810 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q2RW81

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D HNCA
1523D HN(CA)CB
1623D HBHA(CO)NH
1723D (H)CCH-COSY
1823D (H)CCH-TOCSY
1923D CCH-TOCSY
11023D CBCA(CO)NH
11123D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11312D 1H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION ...Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED. MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (EXCLUDING C-TERM TAG): BACKBONE 94.7%, SIDECHAIN 93.1%, AROMATIC (SC) 100%, VL METHYL STEREOSPECIFIC 100%, UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 1727 NOE. MAX NOE VIOLATION 0.25 A (1MODEL). 6 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES - 6-70, 75-94 (FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8) RMSD 0.6 BB, 1.0 ALL HEAVY ATOMS. SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS ALPHA HELICES: (17-30, 39-50, 55-59), BETA STRANDS: (7-9, 12-14, 35-36, 63-70, 76-82, 87-89). RAMA. DISTRIBUTION: 90.2/9.7/0.1/0.1. PROCHECK (PSI-PHI): -0.29/-0.83 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.22/-1.30 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 15.46/-1.13 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.917, PRECISION: 0.895, F-MEASURE: 0.906, DP-SCORE: 0.738.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.15 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] RrR43, 20 mM MES, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100 mM sodium chloride, 50 uM DSS, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.05 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RrR43, 20 mM MES, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100 mM sodium chloride, 50 uM DSS, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.15 mMRrR43[U-5% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
100 mMsodium chloride1
50 uMDSS1
5 mMcalcium chloride1
1.05 mMRrR43[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
100 mMsodium chloride2
50 uMDSS2
5 mMcalcium chloride2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
Sparky3.112Goddardデータ解析
MOLMOL2k2Koradi, Billeter and Wuthrichvisualization
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
MolProbityRichardson構造検証
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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