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万見
- PDB-2k0d: NMR structure of a mutant colicin e7 immunity protein im7 with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0d
タイトルNMR structure of a mutant colicin e7 immunity protein im7 with an extended helix III
要素Colicin-E7 immunity protein
キーワードTOXIN INHIBITOR / Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / toxic substance binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-E7 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Figueiredo, A.M. / Whittaker, S.B. / Knowling, S.E. / Spronk, C.A. / Radford, S.E. / Moore, G.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Amino acid insertion reveals a necessary three-helical intermediate in the folding pathway of the colicin E7 immunity protein Im7.
著者: Knowling, S.E. / Figueiredo, A.M. / Whittaker, S.B. / Moore, G.R. / Radford, S.E.
履歴
登録2008年2月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Colicin-E7 immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0941
ポリマ－11,0941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Colicin-E7 immunity protein / ImmE7 / Microcin-E7 immunity protein


分子量: 11094.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: imm, ceiE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q03708

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
3423D 1H-15N NOESY
3523D 1H-15N TOCSY
2633D 1H-13C NOESY
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D H(CCO)NH
1913D C(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMpotassium phosphate[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMpotassium phosphate[U-99% 15N]2
1 mMpotassium phosphate[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態
Conditions-IDイオン強度圧 (kPa)温度 (K)
150ambient atm298 K
250ambient atm298 K
350ambient atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView5.1.1Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
WHAT IFVriend精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
AtnosCandid1.1Herrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
AtnosCandid1.1Herrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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