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万見
- PDB-2jyu: Human Granulin C, isomer 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jyu
タイトルHuman Granulin C, isomer 2
要素Granulin-5
キーワードCYTOKINE / Granulin C / epithelin / human / stack of hairpins / Alternative splicing / Glycoprotein / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of neutrophil activation / positive regulation of protein folding / microglial cell activation involved in immune response / positive regulation of lysosome organization / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of defense response to bacterium / lysosomal lumen acidification / lysosomal transport ...positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of neutrophil activation / positive regulation of protein folding / microglial cell activation involved in immune response / positive regulation of lysosome organization / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of defense response to bacterium / lysosomal lumen acidification / lysosomal transport / astrocyte activation involved in immune response / lysosome organization / positive regulation of axon regeneration / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / cytokine activity / growth factor activity / trans-Golgi network / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of neuron apoptotic process / azurophil granule lumen / late endosome / protein-folding chaperone binding / regulation of inflammatory response / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / protein stabilization / endosome / positive regulation of cell migration / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulins signature. / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tolkatchev, D. / Wang, P. / Chen, Z. / Xu, P. / Ni, F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structure dissection of human progranulin identifies well-folded granulin/epithelin modules with unique functional activities.
著者: Tolkatchev, D. / Malik, S. / Vinogradova, A. / Wang, P. / Chen, Z. / Xu, P. / Bennett, H.P. / Bateman, A. / Ni, F.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4021
ポリマ－7,4021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Granulin-5 / Granulin C


分子量: 7402.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRN / プラスミド: pET-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: P28799
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
131inphase COSY
1422D 1H-1H TOCSY
1522D 1H-1H NOESY
1622D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM HgrnC2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM HgrnC2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
10 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
0.2 mMEDTA1
0.5 mMHgrnC21
10 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
0.2 mMEDTA2
0.5 mMHgrnC22
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.8ambient atm298 K
26.8ambient atm288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SYBYLTriposデータ解析
Insight IIAccelrys Software Inc.データ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ARIA1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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