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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jym | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of stem-loop alpha of the hepatitis B virus post-transcriptional regulatory element | ||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / hepatitis B virus / post-transcriptional regulatory element / stem-loop alpha / NMR solution structure | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, force field-based em | データ登録者 | Ohlenschlager, O. / Gorlach, M. / Schwalbe, M. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008 | タイトル: Solution structure of stem-loop alpha of the hepatitis B virus post-transcriptional regulatory element 著者: Schwalbe, M. / Ohlenschlager, O. / Marchanka, A. / Ramachandran, R. / Hafner, S. / Heise, T. / Gorlach, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jym.cif.gz | 207.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jym.ent.gz | 173.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jym_validation.pdf.gz | 323.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2jym_full_validation.pdf.gz | 399.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jym_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jym_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/2jym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/2jym | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7105.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, force field-based em ソフトェア番号: 1 / 詳細: structure calculation, energy minimisation | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |