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万見
- PDB-2jym: Solution structure of stem-loop alpha of the hepatitis B virus po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jym
タイトルSolution structure of stem-loop alpha of the hepatitis B virus post-transcriptional regulatory element
要素RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*UP*C)-3')
キーワードRNA / hepatitis B virus / post-transcriptional regulatory element / stem-loop alpha / NMR solution structure
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, force field-based em
データ登録者Ohlenschlager, O. / Gorlach, M. / Schwalbe, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of stem-loop alpha of the hepatitis B virus post-transcriptional regulatory element
著者: Schwalbe, M. / Ohlenschlager, O. / Marchanka, A. / Ramachandran, R. / Hafner, S. / Heise, T. / Gorlach, M.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1051
ポリマ－7,1051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*UP*C)-3')


分子量: 7105.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2212D 1H-13C HSQC
2322D 1H-13C HSQC
1412D 1H-1H NOESY
2523D 1H-13C NOESY
2623D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA, 10mM potassium phosphate, 40mM potassium chloride, 0. mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA, 10mM potassium phosphate, 40mM potassium chloride, 0.2mM EDTA, 99% D2O99% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRNA[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMpotassium phosphate1
40 mMpotassium chloride1
0.2 mMEDTA1
1 mMRNA[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMpotassium phosphate2
40 mMpotassium chloride2
0.2 mMEDTA2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.2ambient atm283 K
2506.2ambient atm293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
VNMRVarian解析
VNMRVariancollection
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrichcollection
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, force field-based em
ソフトェア番号: 1 / 詳細: structure calculation, energy minimisation
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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