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- PDB-2jxo: Structure of the second PDZ domain of NHERF-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jxo
タイトルStructure of the second PDZ domain of NHERF-1
要素Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50
キーワードPROTEIN BINDING / NHERF-1 / PDZ domain / PDZ2 / Acetylation / Cell projection / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


renal phosphate ion absorption / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity ...renal phosphate ion absorption / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / import across plasma membrane / bile acid secretion / regulation of protein kinase activity / gamma-aminobutyric acid import / stereocilium tip / plasma membrane organization / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / cilium organization / gland morphogenesis / channel activator activity / establishment of Golgi localization / fibroblast migration / intracellular phosphate ion homeostasis / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of fibroblast migration / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / chloride channel regulator activity / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / growth factor receptor binding / nuclear migration / regulation of cell size / microvillus membrane / renal absorption / microvillus / phosphatase binding / transport across blood-brain barrier / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / ruffle / endomembrane system / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / morphogenesis of an epithelium / cell periphery / protein localization to plasma membrane / filopodium / PDZ domain binding / sensory perception of sound / brush border membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Wnt signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / apical plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Cheng, H. / Li, J. / Dai, Z. / Bu, Z. / Roder, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Autoinhibitory Interactions between the PDZ2 and C-terminal Domains in the Scaffolding Protein NHERF1
著者: Cheng, H. / Li, J. / Fazlieva, R. / Dai, Z. / Bu, Z. / Roder, H.
履歴
登録2007年11月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7251
ポリマ－10,7251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 1000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Na+ / /H+ / exchange regulatory cofactor NHE-RF / NHERF-1 / Regulatory cofactor of Na+ / ...EBP50 / Na+ / /H+ / exchange regulatory cofactor NHE-RF / NHERF-1 / Regulatory cofactor of Na+ / /H+ / exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform 3 regulatory factor 1


分子量: 10725.136 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ 2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3R1, NHERF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-15N HSQC
1423D 1H-15N NOESY
1523D 1H-15N TOCSY
1623D HNHA
1733D HNCO
1833D HN(CA)CB
1933D HN(COCA)CB
11033D (H)CCH-COSY
11133D (H)CCH-TOCSY
11233D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM PDZ2, HEPES, DTT, H2O, DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 15N] PDZ2, HEPES, DTT, H2O, DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDZ2, HEPES, DTT, H2O, DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPDZ2, HEPES, DTT, H2O, DSS1
1 mMPDZ2, HEPES, DTT, H2O, DSS[U-100% 15N]2
1 mMPDZ2, HEPES, DTT, H2O, DSS[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 288.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Accelrys Software Inc.解析
Felix2000Accelrys Software Inc.chemical shift calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospinchemical shift calculation
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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