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- PDB-2jxn: Solution Structure of S. cerevisiae PDCD5-like Protein Ymr074cp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jxn
タイトルSolution Structure of S. cerevisiae PDCD5-like Protein Ymr074cp
要素Uncharacterized protein YMR074C
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Ymr074cp / PDCD5-like protein / Phosphoprotein / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDCD5, DNA-binding domain / PDCD5-like / PDCD5-like superfamily / Double-stranded DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Uncharacterized protein YMR074C
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Hong, J. / Zhang, J. / Liu, Z. / Shi, Y. / Wu, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure and Dynamics of S. cerevisiae PDCD5-like Protein Ymr074cp Determined by Heteronuclear NMR Spectroscopy
著者: Hong, J. / Zhang, J. / Liu, Z. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2007年11月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2008年12月9日ID: 2HVU
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YMR074C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3873
ポリマ－13,8581
非ポリマー5292
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YMR074C


分子量: 13858.473 Da / 分子数: 1 / 変異: A7C, A11C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: YMR074C / プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04773
#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1352D 1H-15N IPAP HSQC
1462D 1H-15N IPAP HSQC
1523D CBCA(CO)NH
1623D CBCANH
1723D HNCA
1823D HN(CO)CA
1923D HNCO
11023D HN(CA)CO
11123D C(CO)NH-TOCSY
11223D HBHA(CBCACO)NH
11323D H(CCO)NH-TOCSY
11423D 15N-edited-NOESY-HSQC
11543D (H)CCH-COSY
11643D (H)CCH-TOCSY
11743D 13C-edited-NOESY-HSQC
2184H-D exchange
1195NMR relaxation
1205NMR relaxation
12172D 1H-15N HSQC
12282D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-100% 15N] N116 A7C, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 0.2 mM 1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate, 1 mM ascorbate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] N116, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.2 mM [U-100% 15N] N116 A7C, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 0.2 mM 1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] N116, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 100 % [U-100% 2H] D2O, 100% D2O100% D2O
51 mM [U-100% 15N] N116, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
61 mM [U-100% 15N] N116, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 7 or 8 % polyacrylamide gel, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
70.2 mM [U-100% 15N] N116 A11C, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 0.2 mM 1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
80.2 mM [U-100% 15N] N116 A11C, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 0.2 mM 1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate, 1 mM ascorbate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMN116 A7C[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
1 mMEDTA1
10 %D2O[U-100% 2H]1
90 %H2O1
0.2 mM1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate1
1 mMascorbate1
1 mMN116[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
1 mMEDTA2
10 %D2O[U-100% 2H]2
90 %H2O2
0.2 mMN116 A7C[U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
1 mMEDTA3
10 %D2O[U-100% 2H]3
90 %H2O3
0.2 mM1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate3
1 mMN116[U-100% 13C; U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
50 mMsodium chloride4
1 mMEDTA4
100 %D2O[U-100% 2H]4
1 mMN116[U-100% 15N]5
20 mMsodium phosphate5
50 mMsodium chloride5
1 mMEDTA5
10 %D2O[U-100% 2H]5
90 %H2O5
1 mMN116[U-100% 15N]6
20 mMsodium phosphate6
50 mMsodium chloride6
1 mMEDTA6
10 %D2O[U-100% 2H]6
90 %H2O6
7 %polyacrylamide gel6
0.2 mMN116 A11C[U-100% 15N]7
20 mMsodium phosphate7
50 mMsodium chloride7
1 mMEDTA7
10 %D2O[U-100% 2H]7
90 %H2O7
0.2 mM1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate7
0.2 mMN116 A11C[U-100% 15N]8
20 mMsodium phosphate8
50 mMsodium chloride8
1 mMEDTA8
10 %D2O[U-100% 2H]8
90 %H2O8
0.2 mM1-oxyl-2, 2, 5, 5-tetramethyl-3-pyrroline-3-methylmethanethiosulfonate8
1 mMascorbate8
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.0 1 atm298 K
26.0 1 atm295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2Delaglio, F. et al.解析
Sparky3.11Goddard, T.D. et al.peak picking
Sparky3.11Goddard, T.D. et al.chemical shift assignment
TALOSCornilescu, G. et al.データ解析
X-PLOR NIH2.18Schwieters, C.D. et al.構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, C.D. et al.精密化
ProcheckLaskowski, R.A. et al.geometry optimization
MOLMOLKoradi, R. et al.データ解析
精密化手法: distance geometry, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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