[日本語] English
万見
- PDB-5umw: Crystal structure of TnmS2, an antibiotic binding protein from St... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umw
タイトルCrystal structure of TnmS2, an antibiotic binding protein from Streptomyces sp. CB03234
要素Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
キーワードTiancimycin-binding protein / glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase superfamily / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


lactoylglutathione lyase activity / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase I, conserved site / Glyoxalase I signature 1. / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOFLAVIN / Glyoxalase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Chang, C.Y. / Chang, C. / Nocek, B. / Rudolf, J.D. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Resistance to Enediyne Antitumor Antibiotics by Sequestration.
著者: Chang, C.Y. / Yan, X. / Crnovcic, I. / Annaval, T. / Chang, C. / Nocek, B. / Rudolf, J.D. / Yang, D. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.
履歴
登録2017年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32020年9月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
B: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
C: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
D: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
E: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
F: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9208
ポリマ－103,1686
非ポリマー7532
水5,242291
1
A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
F: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7663
ポリマ－34,3892
非ポリマー3761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
2
B: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
E: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7663
ポリマ－34,3892
非ポリマー3761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
3
C: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase
D: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3892
ポリマ－34,3892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.298, 74.298, 342.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase


分子量: 17194.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)
遺伝子: tnmS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125SA26
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM magnesium sulfate hydrate, 50 mM HEPES sodium, and 1.6 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97941
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979151
20.979411
反射

Entry-ID: 5UMW / Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 9 %

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I)
2.26-505284399.70.9980.0770.0270.08114.8
2.27-505243599.90.9990.0630.0220.06633.7
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0851 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2585 / Num. unique obs: 48510 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.917 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
AutoSol位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.27→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.4 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26313 2536 5 %RANDOM
Rwork0.20548 ---
obs0.20845 48510 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.27→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 54 291 6661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9581.9748830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.096314001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.165791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49623.161329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.792151017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3781570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1853.1863185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1863.1863184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0114.7653969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.014.7653970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2823.9423327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2823.9423327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1665.6154862
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.29438.4467073
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.29438.4077047
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.268→2.327 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 152 -
Rwork0.273 2780 -
obs--76.87 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る