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万見
- PDB-2ju0: Structure of Yeast Frequenin bound to PdtIns 4-kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ju0
タイトルStructure of Yeast Frequenin bound to PdtIns 4-kinase
要素
  • Calcium-binding protein NCS-1
  • Phosphatidylinositol 4-kinase PIK1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / EF-hand / calcium / PtdIns 4-kinase / frequenin / yeast / Lipoprotein / Membrane / Myristate / Nucleus / Phosphorylation / Transferase / METAL BINDING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular bud membrane / microlipophagy / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / positive regulation of autophagosome assembly / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-mediated signaling ...cellular bud membrane / microlipophagy / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / positive regulation of autophagosome assembly / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of signal transduction / enzyme activator activity / positive regulation of protein secretion / trans-Golgi network / endocytosis / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1260 / Phosphatidylinositol 4-kinase, Pik1, fungi / Yeast phosphatidylinositol-4-OH kinase Pik1 / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / Recoverin family / EF hand domain / EF-hand domain pair / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain ...Helix Hairpins - #1260 / Phosphatidylinositol 4-kinase, Pik1, fungi / Yeast phosphatidylinositol-4-OH kinase Pik1 / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / Recoverin family / EF hand domain / EF-hand domain pair / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Helix Hairpins / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Helix non-globular / EF-hand domain pair / Special / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-kinase PIK1 / Calcium-binding protein NCS-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ames, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural insights into activation of phosphatidylinositol 4-kinase (Pik1) by yeast frequenin (Frq1).
著者: Strahl, T. / Huttner, I.G. / Lusin, J.D. / Osawa, M. / King, D. / Thorner, J. / Ames, J.B.
履歴
登録2007年8月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein NCS-1
B: Phosphatidylinositol 4-kinase PIK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7895
ポリマ－27,6682
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding protein NCS-1


分子量: 22036.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FRQ1, NCS1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06389
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase PIK1 / PI4-kinase / PtdIns-4-kinase


分子量: 5631.423 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues:121-174 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PIK1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39104, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D C(CO)NH
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] Frq1, 0.5 mM Pik1, 10 mM sodium acetate, 1 mM [U-2H] DTT, 5 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM Frq1, 0.5 mM [U-13C; U-15N] Pik1, 10 mM sodium acetate, 1 mM [U-2H] DTT, 5 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMFrq1[U-13C; U-15N]1
0.5 mMPik11
10 mMsodium acetate1
1 mMDTT[U-2H]1
5 mMcalcium chloride1
0.5 mMFrq12
0.5 mMPik1[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium acetate2
1 mMDTT[U-2H]2
5 mMcalcium chloride2
試料状態イオン強度: 15 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: NMRPipe
開発者: Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax
分類: 解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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