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万見
- PDB-2jty: Self-complemented variant of FimA, the main subunit of type 1 pilus -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jty
タイトルSelf-complemented variant of FimA, the main subunit of type 1 pilus
要素Type-1 fimbrial protein, A chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN/PILI/FIM / Cell projection / Fimbrium / chimera / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-1 fimbrial protein, A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Erilov, D. / Wider, G. / Glockshuber, R. / Puorger, C. / Vetsch, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure, Folding and Stability of FimA, the Main Structural Subunit of Type 1 Pili from Uropathogenic Escherichia coli Strains.
著者: Puorger, C. / Vetsch, M. / Wider, G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2007年8月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32011年9月21日Group: Database references
改定 1.42020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-1 fimbrial protein, A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0341
ポリマ－18,0341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Type-1 fimbrial protein, A chain / Type-1A pilin


分子量: 18033.596 Da / 分子数: 1
断片: Fusion protein of Type-1 fimbrial protein and type-1 fimbrial protein
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimA, pilA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04128
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THIS PROTEIN IS DESIGNED TO MIMIC THE STATE OF FIMA SUBUNIT IN A CHAIN. THIS ...THE AUTHORS STATE THAT THIS PROTEIN IS DESIGNED TO MIMIC THE STATE OF FIMA SUBUNIT IN A CHAIN. THIS PROTEIN (FIMA) POLYMERIZES INTO A CHAIN IN E.COLI VIA A DOMAIN SWAPPING MECHANISM. EACH SUBUNIT DONATES ITS N-TERMINAL RESIDUES TO THE PRECEDING SUBUNIT TO COMPLEMENT ITS FOLD, WHICH OTHERWISE LACKS ONE BETA-STRAND.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D (H)CCH-TOCSY
1111CBHD
11213D 1H-13C NOESY aro
11312D 1H-13C HSQC aro

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試料調製

詳細内容: 1.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] FimA, 50 M H2O, 5 M D2O, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMFimA[U-98% 13C; U-98% 15N]1
50 MH2O1
5 MD2O1
試料状態イオン強度: 18 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker DRXBrukerDRX7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert構造決定
OPAL精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: torsion angle dynamics using DYANA and molecular dynamics using Opal
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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