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万見
- PDB-2jsv: Dipole tensor-based refinement for atomic-resolution structure de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jsv
タイトルDipole tensor-based refinement for atomic-resolution structure determination of a nanocrystalline protein by solid-state NMR spectroscopy
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / SSNMR / GB1 / tensor refinement / Cell wall / IgG-binding protein / Peptidoglycan-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法個体NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
データ登録者Franks, W. / Wylie, B.J. / Frericks, H.L. / Nieuwkoop, A.J. / Mayrhofer, R. / Shah, G.J. / Graesser, D.T. / Rienstra, C.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Dipole tensor-based atomic-resolution structure determination of a nanocrystalline protein by solid-state NMR
著者: Franks, W.T. / Wylie, B.J. / Schmidt, H.L. / Nieuwkoop, A.J. / Mayrhofer, R.M. / Shah, G.J. / Graesser, D.T. / Rienstra, C.M.
履歴
登録2007年7月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2291
ポリマ－6,2291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 260structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6228.809 Da / 分子数: 1 / 断片: 2-1 repeat / 変異: T2Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR / 詳細: SOLID-STATE NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
114CC 2D DARR Mixing
125CC 2D DARR Mixing
132NN 2D PDSD Mixing
142HN-HN VEAN
151HN-NCA-HA VEAN
161NCACX, NCOCX 3D
173N(HH)C; C(HH)C
NMR実験の詳細Text: The precipitant was packed with excess mother liquor for data acquisition.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
114 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2OH2O
214 mg/mL [U-99% 15N] protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2OH2O
314 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2OH2O
414 mg/mL (1,3) 13C glycerol, U15N protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2OH2O
514 mg/mL 2 13C glycerol, Uniform 15N protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2OH2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
14 mg/mLentity[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 v/visopropynol1
3 v/v(2,4)methyl-pentane-diol1
1 v/vsodium phosphate1
14 mg/mLentity[U-99% 15N]2
1 v/v(2,4)methyl-pentane-diol2
3 v/visopropynol2
1 v/vsodium phosphate2
14 mg/mLentity[U-100% 13C; U-100% 15N]3
3 v/visopropynol3
1 v/v(2,4)methyl-pentane-diol3
1 v/vsodium phosphate3
14 mg/mLentity(1,3) 13C glycerol, U15N4
3 v/visopropynol4
1 v/v(2,4)methyl-pentane-diol4
1 v/vsodium phosphate4
14 mg/mLentity2 13C glycerol, Uniform 15N5
3 v/visopropynol5
1 v/v(2,4)methyl-pentane-diol5
1 v/vsodium phosphate5
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 281 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian Infinity PlusVarianInfinity Plus6002
Varian Infinity PlusVarianInfinity Plus5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.16.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.16.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.16.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Mossデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: 50,000 steps at 2500 K, decreased over 25,000 steps to 1000 K, 1 fs step size, 70,000 steps from 1000K to 300 K, 1 fs step size
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 260 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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