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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jse | ||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR reveals absence of hydrogen bonding in adjacent UU and AG mismatches in an isolated internal loop from ribosomal RNA. | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / NMR structure of RNA loop 5' GUGG 3' / 3' CUAC 5' / G base flipped out / 2x2 thermodynamics / Lack of hydrogen bonding / Absence of hydrogen bonding / UU internal loop / UU/AG internal loop / AG internal loop / Internal loop from protein L11 binding site | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | Model details | NMR structure of RNA loop 5' GUGG 3' / 3' CUAC 5' | ![]() Shankar, N. | ![]() ![]() タイトル: NMR Reveals the Absence of Hydrogen Bonding in Adjacent UU and AG Mismatches in an Isolated Internal Loop from Ribosomal RNA 著者: Shankar, N. / Xia, T. / Kennedy, S.D. / Krugh, T.R. / Mathews, D.H. / Turner, D.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 309.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 359.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7112.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: T7 polymerase used to transcribe the RNA from a synthetic duplex DNA template |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: NMR structure of RNA loop 5' GUGG 3' / 3' CUAC 5' |
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NMR実験 | タイプ: 2D 1H-1H NOESY |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 80 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and least distance and angle violations 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |