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- PDB-2jsc: NMR structure of the cadmium metal-sensor CMTR from Mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jsc
タイトルNMR structure of the cadmium metal-sensor CMTR from Mycobacterium tuberculosis
要素Transcriptional regulator Rv1994c/MT2050
キーワードTRANSCRIPTION / CADMIUM / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / SOLUTION STRUCTURE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


cadmium ion sensor activity / lead ion binding / cadmium ion binding / response to cadmium ion / response to lead ion / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HTH-type transcriptional regulator CmtR / HTH-type transcriptional regulator CmtR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Cavet, J.S. / Dennison, C. / Graham, A.I. / Harvie, D.R. / Robinson, N.J. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: NMR Structural Analysis of Cadmium Sensing by Winged Helix Repressor CmtR.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Cavet, J.S. / Dennison, C. / Graham, A.I. / Harvie, D.R. / Robinson, N.J.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Rv1994c/MT2050
B: Transcriptional regulator Rv1994c/MT2050
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2444
ポリマ－25,0192
非ポリマー2252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 300target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Rv1994c/MT2050


分子量: 12509.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv1994c, MT2050, MTCY39.25 / プラスミド: pET29A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67731, UniProt: P9WMI9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-SEPARATED NOESY
131HNCA
141HN(CO)CA
151CBCA(CO)NH
161HNCO
1713D 13C- SEPARATED NOESY
181CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM CMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, 1 mM [U-100% 15N] CMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, 1 mM [U-13C; U-15N] CMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL ...内容: 1 mM CMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, 1 mM [U-100% 15N] CMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, 1 mM [U-13C; U-15N] CMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR1
1 mMCMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR[U-100% 15N]2
1 mMCMTR, CADMIUM-RESPONSIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 50 Phosphate, 50 NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 312 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
BRUKER AVANCEBrukerAVANCE5001
BRUKER AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber8Case, D.A. et al.精密化
XwinNMR3.1Bruker Biospin解析
XEASY1.3Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.3Bartels et al.データ解析
CARA1.4Keller and Wuthrichデータ解析
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: 1832 MEANINGFUL PROTON-PROTON DISTANCE RESTRAINTS, 103 DIHEDRAL ANGLES RESTRAINTS AND 28 PROTON PAIRS STEREOSPECIFICALLY ASSIGNED WERE USED FOR STRUCTURE CALCULATIONS OF THE MONOMER. INTRA- ...詳細: 1832 MEANINGFUL PROTON-PROTON DISTANCE RESTRAINTS, 103 DIHEDRAL ANGLES RESTRAINTS AND 28 PROTON PAIRS STEREOSPECIFICALLY ASSIGNED WERE USED FOR STRUCTURE CALCULATIONS OF THE MONOMER. INTRA-SUBUNIT NOES, DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS AND PROTON PAIRS STEREOSPECIFICALLY ASSIGNED WERE THEN DUPLICATED FOR EACH SUBUNIT IN THE STRUCTURE CALCULATIONS OF THE DIMER
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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