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万見
- PDB-2js7: Solution NMR structure of human myeloid differentiation primary r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2js7
タイトルSolution NMR structure of human myeloid differentiation primary response (MyD88). Northeast Structural Genomics target HR2869A
要素Myeloid differentiation primary response protein MyD88
キーワードSIGNALING PROTEIN / MYD88_HUMAN / TIR DOMAIN / TOLL LIKE RECEPTOR ADAPTOR DOMAIN / innate immune signaling / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response ...regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response / response to molecule of fungal origin / positive regulation of lymphocyte proliferation / response to peptidoglycan / toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / IRAK4 deficiency (TLR5) / establishment of endothelial intestinal barrier / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / Toll signaling pathway / Toll-like receptor binding / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / microglia differentiation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MyD88 deficiency (TLR2/4) / death receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of macrophage cytokine production / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / skin development / type I interferon-mediated signaling pathway / response to amine / defense response to protozoan / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of interleukin-17 production / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of type I interferon production / phagocytosis / response to amino acid / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to interleukin-1 / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Interleukin-1 signaling / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / response to ethanol / molecular adaptor activity / defense response to virus / gene expression / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance ...Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Death-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid differentiation primary response protein MyD88
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rossi, P. / Ramelot, T.A. / Tao, X. / Ciano, M. / Ho, C. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. / Tong, L. ...Rossi, P. / Ramelot, T.A. / Tao, X. / Ciano, M. / Ho, C. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Human Myeloid Differentiation Primary Response (MyD88).
著者: Rossi, P. / Xiao, R. / Tao, X. / Acton, T.B. / Tong, L. / Montelione, G.T.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7601
ポリマ－18,7601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量: 18759.879 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal TIR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYD88 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q99836
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1333D HN(CA)CB
1433D HNCO
1533D HNCA
1633D HN(COCA)CB
1733D HN(CO)CA
1833D HN(CA)CO
1933D HBHA(CO)NH
11033D 1H-13C NOESY
11133D 1H-15N NOESY
11233D (H)CCH-COSY
11333D (H)CCH-TOCSY
11433D CCH-TOCSY
11512D 1H-13C HSQC stereospecific VL
11623D 1H-13C NOESY
11722D 1H-13C HSQC
1182H/D exch
1191HETnoe
1201T1/T2

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMentity[U-5% 13C; U-100% 15N]1
10 mMDTT1
40 mMammonium acetate1
5 %acetonitrile1
0.8 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMDTT2
40 mMammonium acetate2
5 %acetonitrile2
0.8 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMDTT3
40 mMammonium acetate3
5 %acetonitrile3
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
AutoAssign1.14Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
Sparky2.11Goddardデータ解析
NMRPipe2005Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichvisualization
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
ProcheckNMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Th構造検証
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIH2.11.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MolProbityRichardson構造検証
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR T1/T2. MEASURED TC = 12.1 +/- 1NS AT 20DEG. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS ...詳細: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR T1/T2. MEASURED TC = 12.1 +/- 1NS AT 20DEG. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA AND AUTOSTRUCTURE IN A CONSENSUS APPROACH. SIMULATED ANNEALING MD LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA, LOWEST ENERGY SELECTED IN AUTOSTRUCTURE USING NIH-XPLOR FOR SIMULATEED ANNEALING MD. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NIELGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (EXCLUDING C-TERM TAG): BACKBONE 94.36%, SIDECHAIN 95.8%, AROMATIC (SC) 93.1%, VL METHYL STEREOSPECIFIC 100%, UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 2795 NOE. 100 STRUCTURES CALCULATED 20 LOWEST ENERGY SUBMITTED. MAX NOE VIOLATION 0.35 A (1MODEL). 16 CLOSE CONTACTS TOTAL PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES - ALPHA HELIX (28-39, 68-71, 81-85, 87-99, 103-106, 141-150), BETA-STRAND (48-49, 17-22, 72-78, 108-112, 130-131) [S(PHI)+ (PSI)] > 1.8. RMSD 0.6 BB, 0.9 ALL HEAVY ATOMS. RAMACHANDRAN: 88.0% MOST FAV, 11.4% ADDTL ALLOW, 0.5 GENEROUS ALLOW, 0.1% DISALLOW. PROCHECK (PSI-PHI): -0.22/-0.55 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.15/-0.89 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 27.22/-3.15 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.934, PRECISION: 0.892, F-MEASURE: 0.913, DP-SCORE: 0.721.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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