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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jrd | ||||||
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タイトル | Influenza Hemagglutinin Fusion Domain Mutant F9A | ||||||
要素 | Hemagglutinin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / influenza / hemagglutinin / fusion domain / F9A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | Influenza Hemagglutinin Fusion Domain Mutant F9A in DPC micelles, pH 5 | ||||||
データ登録者 | Lai, A.L. / Tamm, L.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Locking the kink in the influenza hemagglutinin fusion domain structure. 著者: Lai, A.L. / Tamm, L.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jrd.cif.gz | 138.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jrd.ent.gz | 94.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jrd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/2jrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/2jrd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2712.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 遺伝子: HA / 参照: UniProt: P11134, UniProt: A0A2Y1*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Influenza Hemagglutinin Fusion Domain Mutant F9A in DPC micelles, pH 5 | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM HA_FP_F9A peptide, 200 mM [U-2H] d38-DPC, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 35 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |