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万見
- PDB-2jqk: VPS4B MIT-CHMP2B Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqk
タイトルVPS4B MIT-CHMP2B Complex
要素
  • Charged multivesicular body protein 2b
  • Vacuolar protein sorting-associating protein 4B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CHMP2B / VPS4B MIT / Complex / Four Helix Bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


protein depolymerization / late endosomal microautophagy / positive regulation of centriole elongation / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of exosomal secretion / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly ...protein depolymerization / late endosomal microautophagy / positive regulation of centriole elongation / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of exosomal secretion / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / vacuole organization / positive regulation of exosomal secretion / midbody abscission / endosome organization / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / regulation of modification of postsynaptic structure / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / multivesicular body membrane / establishment of blood-brain barrier / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / cholesterol transport / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of postsynapse organization / vesicle-fusing ATPase / endosomal transport / response to lipid / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / ATPase complex / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / autophagosome membrane / autophagosome maturation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Pyroptosis / canonical Wnt signaling pathway / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / macroautophagy / modulation of chemical synaptic transmission / neuron cellular homeostasis / kinetochore / potassium ion transport / autophagy / cognition / spindle pole / late endosome membrane / protein transport / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / angiogenesis / endosome membrane / endosome / postsynaptic density / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / centrosome / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Snf7 family ...Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Snf7 family / Snf7 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 4B / Charged multivesicular body protein 2b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Stuchell-Brereton, M.D. / Skalicky, J.J. / Kieffer, C. / Ghaffarian, S. / Sundquist, W.I.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: ESCRT-III recognition by VPS4 ATPases.
著者: Stuchell-Brereton, M.D. / Skalicky, J.J. / Kieffer, C. / Karren, M.A. / Ghaffarian, S. / Sundquist, W.I.
履歴
登録2007年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associating protein 4B
B: Charged multivesicular body protein 2b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3112
ポリマ－12,3112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associating protein 4B / Suppressor of K+ / transport growth defect 1 / Protein SKD1


分子量: 10192.597 Da / 分子数: 1 / 断片: MIT domain, residues 1-86 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS4B, SKD1, VPS42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75351
#2: タンパク質・ペプチド Charged multivesicular body protein 2b / Chromatin-modifying protein 2b / CHMP2b / CHMP2.5 / Vacuolar protein sorting 2-2 / Vps2-2 / hVps2- 2


分子量: 2118.365 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal sequence database residues 195-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP2B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UQN3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HBHA(CO)NH
1613D HNHA
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-COSY
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-13C NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11322D 1H-15N HSQC
11422D 1H-13C HSQC
11523D HN(CA)CB
11623D CBCA(CO)NH
11723D HBHA(CO)NH
11823D HNHA
11923D C(CO)NH
12023D H(CCO)NH
12123D (H)CCH-COSY
12223D (H)CCH-TOCSY
12323D 1H-13C NOESY
12423D 1H-15N NOESY
NMR実験の詳細Text: Half-filtered NOESYs provided the intermolecular NOEs

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.48 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VPS4B MIT, 4.8 mM CHMP2B(195-213), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22.84 mM VPS4B MIT, 0.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHMP2B(195-213), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.48 mMVPS4B MIT[U-100% 13C; U-100% 15N]1
4.8 mMCHMP2B(195-213)1
2.84 mMVPS4B MIT2
0.26 mMCHMP2B(195-213)[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5.65 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2004Accelrys Software Inc.解析
Sparky3.112Goddardchemical shift assignment
Sparky3.112Goddardpeak picking
Sparky3.112Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement using anneal.inp and using summed NOE constraints with max T of 3000 K for simulated annealing.
NMR constraintsNOE constraints total: 1586 / NOE intraresidue total count: 400 / NOE long range total count: 465 / NOE medium range total count: 417 / NOE sequential total count: 394 / Hydrogen bond constraints total count: 61 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 70 / Protein psi angle constraints total count: 70
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.08 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.1 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.024 Å / Torsion angle constraint violation method: CNS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.005 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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