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万見
- PDB-2jpp: Structural basis of RsmA/CsrA RNA recognition: Structure of RsmE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jpp
タイトルStructural basis of RsmA/CsrA RNA recognition: Structure of RsmE bound to the Shine-Dalgarno sequence of hcnA mRNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*C)-3')
  • Translational repressor
キーワードTRANSLATION/RNA / RNA recognition / PROTEIN/RNA / CsrA / RsmA / Shine-Dalgarno / TRANSLATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Translational regulator CsrA1 / Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsStructure of RsmE bound to the Shine-Dalgarno sequence of hcnA mRNA
データ登録者Schubert, M. / Lapouge, K. / Duss, O. / Oberstrass, F.C. / Jelesarov, I. / Haas, D. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular basis of messenger RNA recognition by the specific bacterial repressing clamp RsmA/CsrA
著者: Schubert, M. / Lapouge, K. / Duss, O. / Oberstrass, F.C. / Jelesarov, I. / Haas, D. / Allain, F.H.-T.
履歴
登録2007年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02022年3月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*C)-3')
A: Translational repressor
B: Translational repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5724
ポリマ－28,5724
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 6437.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Translational repressor


分子量: 7847.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: rsmE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+RIL / 参照: UniProt: Q5MXB2, UniProt: P0DPC3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of RsmE bound to the Shine-Dalgarno sequence of hcnA mRNA
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1333D CBCA(CO)NH
1433D HNCA
1533D HN(CA)CB
1633D HNCO
1712D 1H-1H TOCSY
1833D H(CCO)NH
1912D 1H-1H NOESY
11022D 1H-13C HSQC
11133D 1H-13C NOESY
11233D HN(CO)CA
11372D 1H-13C HSQC
11473D 1H-13C NOESY
11562D 1H-13C HSQC
11663D 1H-13C NOESY
11782D 1H-15N HSQC
11852D 1H-15N HSQC
11922D 1Ff2Ff NOESY
12072D 1Ff2Ff NOESY
12162D 1Ff2Ff NOESY
12223D 1Fe3Ff NOESY
12373D 1Fe3Ff NOESY
12463D 1Fe3Ff NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM RNA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RsmE, 1 mM RNA, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RsmE, 1 mM RNA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
41 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM RNA, 100% D2O100% D2O
51 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-13C; U-15N]-Gua/Ura RNA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
61 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-13C; U-15N]-Gua/Ura RNA, 100% D2O100% D2O
71 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-13C; U-15N]-Cyt/Ade RNA, 100% D2O100% D2O
81 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-13C; U-15N]-Cyt/Ade RNA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRsmE[U-100% 15N]1
1 mMRNA1
1 mMRsmE[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMRNA2
1 mMRsmE[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMRNA3
1 mMRsmE[U-100% 15N]4
1 mMRNA4
1 mMRsmE[U-100% 15N]5
1 mMRNA[U-13C; U-15N]-Gua/Ura5
1 mMRsmE[U-100% 15N]6
1 mMRNA[U-13C; U-15N]-Gua/Ura6
1 mMRsmE[U-100% 15N]7
1 mMRNA[U-13C; U-15N]-Cyt/Ade7
1 mMRsmE[U-100% 15N]8
1 mMRNA[U-13C; U-15N]-Cyt/Ade8
試料状態イオン強度: 0.18 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber7Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Koll精密化
DYANA3.02Guntert, Braun and Wuthrichgeometry optimization
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
CCP4CCP4 Executuve Committeerename chains
CCP4CCP4 Executuve Committeesuperpose ensemble
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: in implicit water
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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