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- PDB-2joe: NMR Structure of E. Coli YehR Protein. Northeast Structural Genom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2joe
タイトルNMR Structure of E. Coli YehR Protein. Northeast Structural Genomics Target ER538.
要素Hypothetical lipoprotein yehR
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / six antiparallel beta strands / alpha + beta sandwich / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


YehR-like fold / YehR-like / Protein of unknown function DUF1307 / YehR-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1307) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized lipoprotein YehR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Ding, K. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Ding, K. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of E. Coli YehR Protein
著者: Ding, K. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Jiang, M. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical lipoprotein yehR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3881
ポリマ－15,3881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the lowest NOE and bond energy
代表モデルモデル #1lowest total energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical lipoprotein yehR


分子量: 15388.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yehR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33354

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-15N HSQC
2213D HNCO
2313D HNCA
2413D HN(CO)CA
2513D CBCA(CO)NH
2613D HN(CA)CB
2713D HBHA(CO)NH
2823D HNHA
2913D C(CO)NH
21013D H(CCO)NH
21113D (H)CCH-TOCSY
21232D 1H-13C HSQC
21312D 1H-13C (Arom) HSQC
11412D 1H-15N HSQC
21512D 1H-15N (NH2) HSQC
11623D 1H-15N NOESY
11713D 1H-13C (Aliph) NOESY
11813D 1H-13C (Arom) NOESY
21933D 1H-13C (Aliph) NOESY
22034D 1H-13C NOESY
12122D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % NaN3, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMNH4OAc1
100 mMNaCl1
10 mMDTT1
5 mMCaCl21
0.02 %NaN31
1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMNH4OAc2
100 mMNaCl2
10 mMDTT2
5 mMCaCl22
0.02 %NaN32
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMNH4OAc3
100 mMNaCl3
10 mMDTT3
5 mMCaCl23
0.02 %NaN33
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11005.5ambient 283 K
21005.5ambient 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.15.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.1Goddardpeak picking
NMRPipelinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AutoStructure2.1.1Huang, Swapana, Rajan, Ke, Xia, Shukla, Inouye and Montelioneデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: distance geometry simulated annealing using NIH xplor, followed by cns water refinement.
NMR constraintsNOE constraints total: 1110 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 621 / NOE medium range total count: 314 / NOE sequential total count: 175 / Hydrogen bond constraints total count: 72 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 80 / Protein psi angle constraints total count: 81
代表構造選択基準: lowest total energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest NOE and bond energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.032 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.034 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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