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万見
- PDB-2jnv: Solution structure of C-terminal domain of NifU-like protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jnv
タイトルSolution structure of C-terminal domain of NifU-like protein from Oryza sativa
要素NifU-like protein 1, chloroplast
キーワードMETAL TRANSPORT / iron-sulfur cluster binding / program for rice genome reserch / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast stroma / iron-sulfur cluster assembly / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / structural molecule activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
NIF system FeS cluster assembly, NifU, C-terminal / NifU-like domain / Fe-S cluster assembly (FSCA) / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NifU-like protein 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Saio, T. / Ogura, K. / Kumeta, H. / Yokochi, M. / Katoh, S. / Katoh, E. / Inagaki, F. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2007
タイトル: The cooperative role of OsCnfU-1A domain I and domain II in the iron sulphur cluster transfer process as revealed by NMR
著者: Saio, T. / Kumeta, H. / Ogura, K. / Yokochi, M. / Asayama, M. / Katoh, S. / Katoh, E. / Teshima, K. / Inagaki, F.
履歴
登録2007年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NifU-like protein 1, chloroplast


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8231
ポリマ－9,8231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NifU-like protein 1, chloroplast / OsNifu1


分子量: 9823.238 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 73-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: NIFU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84LK7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-15N HSQC
2212D 1H-13C HSQC
2313D HNCO
2413D HNCA
2513D HN(CO)CA
2613D HN(CA)CB
2713D CBCA(CO)NH
2813D HN(CA)HA
2913D HBHA(CO)NH
21013D CCH-TOCSY
21113D (H)CCH-TOCSY
21212D (HB)CB(CGCD)HD
21312D (HB)CB(CGCDCE)HE
11412D 1H-15N HSQC
11512D 1H-13C HSQC
11613D 1H-15N NOESY
11713D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.02 w/v DSS, 10 % D2O, 10 mM DTT, 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] OsNifU1A domain I (73-153), 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
0.02 w/vDSS1
10 %D2O1
10 mMDTT1
0.6 mMOsNifU1A domain I (73-153)[U-98% 13C; U-98% 15N]1
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11507ambient 298 K
21507.5ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Olivia1.13.1Yokochi, Sekiguchi and Inagakiデータ解析
Olivia1.13.1Yokochi, Sekiguchi and Inagakichemical shift assignment
Olivia1.13.1Yokochi, Sekiguchi and Inagakipeak picking
VNMR6.1cVariancollection
NMRPipe23Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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