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万見
- PDB-2jnj: Solution structure of the p8 TFIIH subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jnj
タイトルSolution structure of the p8 TFIIH subunit
要素TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit
キーワードTRANSCRIPTION / protein / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe 2 / SPINE-2
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription factor TFIID complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation ...nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription factor TFIID complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleotide-excision repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / cellular response to gamma radiation / Formation of Incision Complex in GG-NER / NoRC negatively regulates rRNA expression / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase II / nucleolus / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TFB5-like / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIH subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Vitorino, M. / Atkinson, R.A. / Moras, D. / Poterszman, A. / Kieffer, B. / Structural Proteomics in Europe 2 (SPINE-2)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution Structure and Self-association Properties of the p8 TFIIH Subunit Responsible for Trichothiodystrophy
著者: Vitorino, M. / Coin, F. / Zlobinskaya, O. / Atkinson, R.A. / Moras, D. / Egly, J.M. / Poterszman, A. / Kieffer, B.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_nmr_software.name / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit
B: TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6852
ポリマ－16,6852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit / General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog


分子量: 8342.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H5, TTDA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q6ZYL4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H TOCSY
1422D 1H-1H NOESY
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HN(CO)CA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY
11133D 1H-15N NOESY
11233D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 uM [U-99% 13C, U-99% 15N] protein, 2.5 mM beta-mercaptoethanol, 50 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2300 uM protein, 2.5 mM beta-mercaptoethanol, 50 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3300 uM [U-99% 15N] protein, 2.5 mM beta-mercaptoethanol, 50 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMentity[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2.5 mMbeta-mercaptoethanol1
50 mMsodium chloride1
10 mMTRIS1
300 uMentity2
2.5 mMbeta-mercaptoethanol2
50 mMsodium chloride2
10 mMTRIS2
300 uMentity[U-99% 15N]3
2.5 mMbeta-mercaptoethanol3
50 mMsodium chloride3
10 mMTRIS3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
XEASYBartels et al.peak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NMR WaterRefine Protocol
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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