[日本語] English
万見
- PDB-2jng: Solution structure of the CUL7-CPH domain from Homo Sapiens; Nort... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jng
タイトルSolution structure of the CUL7-CPH domain from Homo Sapiens; Northeast Structural Genomics Consortium target HT1.
要素Cullin-7
キーワードGENE REGULATION / p53 binding domain / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


3M complex / anaphase-promoting complex / XBP1(S) activates chaperone genes / positive regulation of dendrite morphogenesis / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / regulation of mitotic nuclear division / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Golgi organization / mitotic cytokinesis / epithelial to mesenchymal transition ...3M complex / anaphase-promoting complex / XBP1(S) activates chaperone genes / positive regulation of dendrite morphogenesis / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / regulation of mitotic nuclear division / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Golgi organization / mitotic cytokinesis / epithelial to mesenchymal transition / vasculogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / placenta development / microtubule cytoskeleton organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / CUL7/CUL9, N-terminal beta-barrel domain / CUL7/CUL9 ARM repeat domain / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) ...: / : / CUL7/CUL9, N-terminal beta-barrel domain / CUL7/CUL9 ARM repeat domain / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / SH3 type barrels. - #30 / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Armadillo-type fold / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lemak, A. / Kaustov, L. / Lukin, J. / Duan, S. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Conserved CPH Domains of Cul7 and PARC Are Protein-Protein Interaction Modules That Bind the Tetramerization Domain of p53
著者: Kaustov, L. / Lukin, J. / Lemak, A. / Duan, S. / Ho, M. / Doherty, R. / Penn, L.Z. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cullin-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0131
ポリマ－12,0131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Cullin-7 / CUL-7


分子量: 12013.217 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 360-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL7, KIAA0076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14999

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D H(CCO)NH
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of NOE and HN residual dipolar coupling data.

-
試料調製

詳細内容: 25 mM TRIS, 250 mM sodium chloride, 55 mM H2O, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
25 mMTRIS1
250 mMsodium chloride1
55 mMH2O1
0.5 mMPMSF1
0.5 mMTCEP1
1 mMBenzamidine1
試料状態イオン強度: 250 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.106Goddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る