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万見
- PDB-2jms: NMR Structure of En-6 pheromone from the Antarctic Ciliate Euplot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jms
タイトルNMR Structure of En-6 pheromone from the Antarctic Ciliate Euplotes nobilii
要素Pheromone En-6
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN
機能・相同性Pheromone ER-1 - #40 / Pheromone ER-1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Pheromone En-6
機能・相同性情報
生物種Euplotes nobilii (真核生物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, energy minimization
データ登録者Pedrini, B. / Placzek, W.J. / Koculi, E. / Alimenti, C. / LaTerza, A. / Luporini, P. / Wuthrich, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Cold-adaptation in Sea-water-borne Signal Proteins: Sequence and NMR Structure of the Pheromone En-6 from the Antarctic Ciliate Euplotes nobilii
著者: Pedrini, B. / Placzek, W.J. / Koculi, E. / Alimenti, C. / LaTerza, A. / Luporini, P. / Wuthrich, K.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.52024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pheromone En-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0331
ポリマ－7,0331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pheromone En-6


分子量: 7033.396 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-94 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euplotes nobilii (真核生物) / 株: AC-4 / 参照: UniProt: A0FKY4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H NOESY
1531D 1H

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM En-6, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM En-6, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
31 mM En-6, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMEn-61
20 mMsodium phosphate1
1 mMEn-62
20 mMsodium phosphate2
1 mMEn-63
20 mMsodium phosphate3
1 mMDSS3
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.5.3Keller and Wuthrichchemical shift assignment
XwinNMRBruker Biospincollection
ATNOS/CANDID1.1Herrmann, Guntert and Wuthrichpeak assignment
ATNOS/CANDID1.1Herrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CYANA1.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
OPALpKoradi, Billeter and Guntert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: CYANA-1.2, used within the 7-cycle iterated ATNOS/CANDID/CYANA procedure and OPALp, applied to the final conformer bundle from ATNOS/CANDID/CYANA
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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