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万見
- PDB-2jmf: Solution structure of the Su(dx) WW4- Notch PY peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmf
タイトルSolution structure of the Su(dx) WW4- Notch PY peptide complex
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase suppressor of deltex
  • Neurogenic locus Notch protein
キーワードLigase/Signaling Protein / WW domain / Notch / NMR solution / complex / Ligase-Signaling Protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pupal development / response to symbiont / neuroblast fate specification / epithelial cell type specification, open tracheal system / lamellocyte differentiation / regulation of cardioblast cell fate specification / positive regulation of crystal cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor development / R1/R6 cell differentiation / formation of a compartment boundary ...pupal development / response to symbiont / neuroblast fate specification / epithelial cell type specification, open tracheal system / lamellocyte differentiation / regulation of cardioblast cell fate specification / positive regulation of crystal cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor development / R1/R6 cell differentiation / formation of a compartment boundary / compartment boundary maintenance / RHOQ GTPase cycle / follicle cell of egg chamber migration / muscle cell fate determination / imaginal disc-derived leg joint morphogenesis / eye-antennal disc development / crystal cell differentiation / R7 cell differentiation / R3/R4 cell differentiation / oocyte localization involved in germarium-derived egg chamber formation / hemocyte proliferation / negative regulation of lamellocyte differentiation / myoblast development / R8 cell development / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / germarium-derived egg chamber formation / leg disc morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in Malpighian tubule morphogenesis / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / lateral inhibition / Malpighian tubule tip cell differentiation / eye-antennal disc morphogenesis / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / imaginal disc-derived leg segmentation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / sensory organ precursor cell fate determination / female germ-line stem cell population maintenance / ommatidial rotation / wing disc dorsal/ventral pattern formation / Downregulation of ERBB4 signaling / wing disc pattern formation / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / RHOU GTPase cycle / germ-line stem-cell niche homeostasis / defense response to insect / Regulation of PTEN stability and activity / follicle cell of egg chamber stalk formation / compound eye retinal cell programmed cell death / imaginal disc-derived leg morphogenesis / dorsal closure / chaeta morphogenesis / compound eye morphogenesis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / neuroblast development / follicle cell of egg chamber development / lymph gland development / larval lymph gland hemopoiesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / cell dedifferentiation / dorsal appendage formation / border follicle cell migration / compound eye development / foregut morphogenesis / asymmetric cell division / chaeta development / regulation of stem cell division / imaginal disc-derived wing morphogenesis / glial cell fate determination / intestinal stem cell homeostasis / neuron fate specification / regulation of neuroblast proliferation / glial cell migration / retinal cell programmed cell death / neuron fate determination / sensory organ development / germ-line stem cell population maintenance / dorsal/ventral axis specification / glial cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / regulation of filopodium assembly / peripheral nervous system development / protein targeting to lysosome / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / lipid storage / HECT-type E3 ubiquitin transferase / motor neuron axon guidance / regulation of growth / nervous system process / Notch binding / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / muscle cell cellular homeostasis / WW domain binding / oogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / positive regulation of neuroblast proliferation / histone acetyltransferase binding
類似検索 - 分子機能
: / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP ...: / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / : / Calcium-binding EGF domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Single Sheet / Ankyrin repeat / C2 domain superfamily / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus Notch protein / Notch / E3 ubiquitin-protein ligase Su(dx)
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Avis, J.M. / Blankley, R.T. / Jennings, M.D. / Golovanov, A.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Specificity and Autoregulation of Notch Binding by Tandem WW Domains in Suppressor of Deltex
著者: Jennings, M.D. / Blankley, R.T. / Baron, M. / Golovanov, A.P. / Avis, J.M.
履歴
登録2006年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase suppressor of deltex
B: Neurogenic locus Notch protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0902
ポリマ－8,0902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase suppressor of deltex


分子量: 5928.586 Da / 分子数: 1 / 断片: WW4 domain, residues 515-557 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Su dx / Plasmid details: cloned between EcoRI and XhoI / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9Y0H4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド Neurogenic locus Notch protein


分子量: 2161.392 Da / 分子数: 1 / 断片: L/PPxY motif, residues 2318-2332 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: N / Plasmid details: cloned between BamHI and XhoI / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07207, UniProt: Q32UW5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1313D HNCO
1423D HNCO
1513D HNCA
1623D HNCA
1713D HN(CA)CB
1823D HN(CA)CB
1913D HN(CO)CA
11023D HN(CO)CA
11113D (H)CCH-TOCSY
11223D (H)CCH-TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11423D 1H-15N NOESY
11513D 1H-15N TOCSY
11623D 1H-15N TOCSY
11713D 1H-13C NOESY
11823D 1H-13C NOESY
11912D 1H-13C HSQC
12022D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-13C, U-15N] WW4 domain from Su(dx), 2.0 mM Notch, 45 mM sodium chloride, 9 mM DTT, 0.9 mM EDTA, 45 mM Arginine, 45 mM Glutamate, 90 % H2O, 10 % D2O90% H2O/10% D2O
23.0 mM [U-13C, U-15N] Notch, 0.8 mM WW4 domain from Su(dx), 45 mM sodium chloride, 9 mM DTT, 0.9 mM EDTA, 45 mM Arginine, 45 mM Glutamate, 90 % H2O, 10 % D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMSu(dx)[U-13C; U-15N]1
1.5 mMNotch1
45 mMsodium chloride1
9 mMDTT1
0.9 mMEDTA1
45 mMArginine1
45 mMGlutamate1
10 %D2O1
0.4 mMNotch[U-13C; U-15N]2
1.5 mMSu(dx)2
45 mMsodium chloride2
9 mMDTT2
0.9 mMEDTA2
45 mMArginine2
45 mMGlutamate2
10 %D2O2
試料状態pH: 6.75 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CARAKeller and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRViewJohnson構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, Simmerling, Wang, Duke精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: energy minimisation performed using AMBER
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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