PDB-2jmb: Solution structure of the protein Atu4866 from Agrobacterium tume...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jmb

タイトル

Solution structure of the protein Atu4866 from Agrobacterium tumefaciens

要素

Hypothetical protein Atu4866

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP

機能・相同性

Uncharacterised protein family Atu4866 / Uncharacterised protein family Atu4866 / Atu4866-like superfamily / Agrobacterium tumefaciens protein Atu4866 / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Agrobacterium tumefaciens protein Atu4866 / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Ai, X. / Semesi, A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Li, S.S.C. / Choy, W. / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the protein Atu4866 from Agrobacterium tumefaciens
著者: Ai, X. / Semesi, A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Li, S.S.C. / Choy, W.

履歴

登録	2006年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jmb.cif.gz	483.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jmb.ent.gz	405.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jmb_validation.pdf.gz	343.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jmb_full_validation.pdf.gz	485.6 KB	表示
XML形式データ	2jmb_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	2jmb_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/2jmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/2jmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4w4m-14 1u84-d 4xuw-1 6xfk-d 4w4m-13 4kju-2 4kjv-2 3dkm-d 6v7r-1 2pa1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15012

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein Atu4866

9.16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Hypothetical protein Atu4866 / AGR_L_42p 分子量: 9164.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: Atu4866 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U6E1, UniProt: A9CH91*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D H(CCO)NH
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	3D HNHA
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY
1	12	1	3D aromatic 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.4 mM [U-13C, U-15N] Atu4866, 10 mM sodium acetate, 300 mM NaCl, 10 uM Zn2+, 10 mM DTT, 0.01% NaN3, 1x v/v inhibitor mixture, 10 mM benzamidine, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.3 mM / 構成要素: Atu4866 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 0.45 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRView	5.2.2	Johnson	データ解析
CNS	1.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS	1.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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