[日本語] English
万見
- PDB-2jm3: Solution structure of the THAP domain from C. elegans C-terminal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jm3
タイトルSolution structure of the THAP domain from C. elegans C-terminal binding protein (CtBP)
要素Hypothetical protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / protein / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Repression of WNT target genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / transcription coregulator binding / NAD binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II ...Repression of WNT target genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / transcription coregulator binding / NAD binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
THAP / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile / C-terminal binding protein / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain ...THAP / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile / C-terminal binding protein / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-terminal-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Liew, C.K. / Crossley, M. / Mackay, J.P. / Nicholas, H.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of the THAP domain from Caenorhabditis elegans C-terminal binding protein (CtBP).
著者: Liew, C.K. / Crossley, M. / Mackay, J.P. / Nicholas, H.R.
履歴
登録2006年9月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5932
ポリマ－10,5271
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 10527.181 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal binding protein THAP domain, residues 1-89
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: F49E10.5 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20595
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D HNCO
1233D HNCA
1333D HN(CA)CB
1433D HN(CO)CA
1533D CBCA(CO)NH
2643D (H)CCH-TOCSY
2743D (H)CCH-COSY
1823D 1H-15N NOESY
2943D 1H-13C NOESY
11012D NOESY
1113C(CO)NH-TOCSY
1123H(CCO)NH-TOCSY
11323D HNHA
11433D HN(CA)CO
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of NOE and coupling constant data.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM CtBP THAP domain, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
20.45 mM [U-99% 15N] CtBP THAP domain, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
30.6 mM [U-98% 13C, U-98% 15N] CtBP THAP domain, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
40.6 mM [U-98% 13C, U-98% 15N] CtBP THAP domain, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 99% D2O99% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCtBP THAP domain1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
1 mMDTT1
0.1 mMDSS1
0.4 mMCtBP THAP domain[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
1 mMDTT2
0.1 mMDSS2
0.6 mMCtBP THAP domain[U-98% 13C; U-98% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
1 mMDTT3
0.1 mMDSS3
0.6 mMCtBP THAP domain[U-98% 13C; U-98% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
1 mMDTT4
0.1 mMDSS4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.126.5ambient 298 K
20.126.9ambient 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker AMXBrukerAMX6002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyT Goddardデータ解析
XwinNMRBruker Biospincollection
ARIAJ Linge, S O'Donoghue and M Nilges構造決定
TALOSG Cornilescu, F Delaglio and A Bax構造決定
CNS精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: ARIA/CNS was used for structure calculation and refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る