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Yorodumi- PDB-2jlm: Structure of a Putative Acetyltransferase (ACIAD1637) from Acinet... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2jlm | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of a Putative Acetyltransferase (ACIAD1637) from Acinetobacter baylyi ADP1 | ||||||
Components | PUTATIVE PHOSPHINOTHRICIN N-ACETYLTRANSFERASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PHOSPHINOTHRICIN / ACETYLTRANSFERASE / METHIONINE SULFOXIMINE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationacyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ACINETOBACTER BAYLYI (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Davies, A.M. / Tata, R. / Snape, A. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochimie / Year: 2009Title: Structure and Substrate Specificity of Acetyltransferase Aciad1637 from Acinetobacter Baylyi Adp1. Authors: Davies, A.M. / Tata, R. / Snape, A. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2jlm.cif.gz | 230.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2jlm.ent.gz | 187.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2jlm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2jlm_validation.pdf.gz | 497.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2jlm_full_validation.pdf.gz | 512.1 KB | Display | |
| Data in XML | 2jlm_validation.xml.gz | 44.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 2jlm_validation.cif.gz | 60.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/2jlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/2jlm | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2j8mS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 20640.459 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ACINETOBACTER BAYLYI (bacteria) / Strain: ADP1 / Plasmid: PET / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 393 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-AZI / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: CRYSTALS WERE GROWN USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR CONTAINED 500 MICROLITRES OF 0.1M TRIS-HCL AT PH6.5, 1.2M SODIUM ACETATE AND 0.1% SODIUM AZIDE. DROPS CONTAINED 1 MICROLITRE ...Details: CRYSTALS WERE GROWN USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR CONTAINED 500 MICROLITRES OF 0.1M TRIS-HCL AT PH6.5, 1.2M SODIUM ACETATE AND 0.1% SODIUM AZIDE. DROPS CONTAINED 1 MICROLITRE OF PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 8MG/ML TO WHICH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR WAS ADDED. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX10.1 / Wavelength: 1.488 |
| Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2006 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.488 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.35→68 Å / Num. obs: 56442 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 94.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2J8M Resolution: 2.35→68 Å / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.83 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 34.44 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→68 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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