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万見
- PDB-2jle: Novel indazole nnrtis created using molecular template hybridizat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jle
タイトルNovel indazole nnrtis created using molecular template hybridization based on crystallographic overlays
要素REVERSE TRANSCRIPTASE/RNASEH
キーワードTRANSFERASE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEASE / MYRISTATE / HYDROLASE / CYTOPLASM / MAGNESIUM / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / CAPSID PROTEIN / DNA INTEGRATION / ASPARTYL PROTEASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / RIBOSOMAL FRAMESHIFTING / CAPSID MATURATION / DNA RECOMBINATION / VIRAL NUCLEOPROTEIN / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / ZINC-FINGER / RNA-BINDING / LIPOPROTEIN / ZINC / AIDS / NNRTI / HIV-1 / VIRION / NUCLEUS / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / RNase H / RNase H type-1 domain profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I15 / Reverse transcriptase/RNaseH
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jones, L.H. / Allan, G. / Barba, O. / Burt, C. / Corbau, R. / Dupont, T. / Irving, S. / Mowbray, C.E. / Phillips, C. / Swain, N.A. ...Jones, L.H. / Allan, G. / Barba, O. / Burt, C. / Corbau, R. / Dupont, T. / Irving, S. / Mowbray, C.E. / Phillips, C. / Swain, N.A. / Webster, R. / Westby, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Novel Indazole Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors Using Molecular Hybridization Based on Crystallographic Overlays.
著者: Jones, L.H. / Allan, G. / Barba, O. / Burt, C. / Corbau, R. / Dupont, T. / Knochel, T. / Irving, S. / Middleton, D.S. / Mowbray, C.E. / Perros, M. / Ringrose, H. / Swain, N.A. / Webster, R. / ...著者: Jones, L.H. / Allan, G. / Barba, O. / Burt, C. / Corbau, R. / Dupont, T. / Knochel, T. / Irving, S. / Middleton, D.S. / Mowbray, C.E. / Perros, M. / Ringrose, H. / Swain, N.A. / Webster, R. / Westby, M. / Phillips, C.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REVERSE TRANSCRIPTASE/RNASEH
B: REVERSE TRANSCRIPTASE/RNASEH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,7403
ポリマ－130,4472
非ポリマー2921
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-31.25 kcal/mol
Surface area44520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.200, 154.600, 155.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE/RNASEH / REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量: 65223.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: Z2/CDC-Z34 ISOLATE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72547
#2: 化合物 ChemComp-I15 / 5-[(5-fluoro-3-methyl-1H-indazol-4-yl)oxy]benzene-1,3-dicarbonitrile


分子量: 292.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H9FN4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29 Å / Num. obs: 30525 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 100.955 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER-TNT / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.9→14.13 Å / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3512 1535 5.07 %RANDOM
Rwork0.2613 ---
obs0.2674 30263 96.72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22782726 Å20 Å20 Å2
2--5.8471928 Å20 Å2
3----6.07502007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7859 0 22 239 8120
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4459 247 5.06 %
Rwork0.3252 4638 -
all0.3836 4885 -
obs--96.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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