PDB-2jky: SACCHAROMYCES CEREVISIAE HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jky

タイトル

SACCHAROMYCES CEREVISIAE HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH GMP (GUANOSINE 5'- MONOPHOSPHATE) (TETRAGONAL CRYSTAL FORM)

要素

HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / NUCLEUS / MAGNESIUM / GMP COMPLEX / FLIP PEPTIDE-PLANE / GLYCOSYLTRANSFERASE / METAL-BINDING / PURINE SALVAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Moynie, L. / Giraud, M.F. / Breton, A. / Boissier, F. / Daignan-Fornier, B. / Dautant, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Functional Significance of Four Successive Glycine Residues in the Pyrophosphate Binding Loop of Fungal 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases.
著者: Moynie, L. / Giraud, M.F. / Breton, A. / Boissier, F. / Daignan-Fornier, B. / Dautant, A.

履歴

登録	2008年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年9月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jky.cif.gz	93.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jky.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jky_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jky_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2jky_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	2jky_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/2jky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/2jky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jkzC 2xbuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fie-2 1jy1-d 5k5v-d 7d8u-1 2rkc-d 4eam-2 5g2t-3 4tpj-2 4ean-1 4pez-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

B: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.443, 128.443, 56.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / HGPRTASE / HGPRT / BYPASS OF REPRESSION BY ADENINE PROTEIN 6 分子量: 24213.590 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-214 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: Y1846 / プラスミド: PET-21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q04178, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30% PEG 4000, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, IN MICROBATCH UNDER OIL, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月26日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) SINGLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 20429 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 57.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.94
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→30.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 15.449 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	1048	5.1 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.204	19355	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3292	0	59	95	3446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3429
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.983	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.02	5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.008	24.81	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.501	15	615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.747	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.152	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.103	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.298	1.5	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.477	2	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.656	3	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.029	4.5	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.305	76
R_work	0.263	1405

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0326	-0.868	-0.5186	3.887	0.3388	1.563	0.082	-0.403	0.5521	0.2701	-0.0637	-0.5223	0.1784	-0.0669	-0.0183	-0.2992	-0.0245	-0.0593	-0.3145	-0.1057	-0.2058	15.774	18.325	0.143
2	5.6799	-4.2471	-0.1254	14.6116	-1.4117	2.6524	0.4939	0.6937	1.7185	-1.3041	-0.7416	-1.6855	-0.1637	-0.1078	0.2477	-0.1924	0.1311	0.1856	-0.2103	0.2746	0.3117	15.297	35.936	-17.787
3	18.104	3.352	5.8432	6.8156	2.893	3.3245	-0.3946	0.5132	2.3432	0.2482	0.1494	-0.7338	-0.3389	0.1195	0.2452	-0.1647	-0.0229	-0.1236	-0.263	-0.1519	0.2246	18.291	29.457	4.459
4	12.6873	-0.8916	1.2748	10.6031	-2.7845	6.7453	-0.2061	0.4383	1.8516	0.7212	0.8751	0.8918	-0.4609	-1.682	-0.669	-0.3443	0.1985	0.1361	-0.0488	0.2777	0.4176	0.81	40.773	-10.823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	110 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	110 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	66 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	66 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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