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- PDB-2xbu: Saccharomyces cerevisiae hypoxanthine-guanine phosphoribosyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xbu
タイトルSaccharomyces cerevisiae hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex with GMP (monoclinic crystal form)
要素HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE / FLIP PEPTIDE-PLANE
機能・相同性
機能・相同性情報


XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding ...XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ACETATE ION / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moynie, L. / Giraud, M.F. / Breton, A. / Boissier, F. / Daignan-Fornier, B. / Dautant, A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Functional Significance of Four Successive Glycine Residues in the Pyrophosphate Binding Loop of Fungal 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases.
著者: Moynie, L. / Giraud, M.F. / Breton, A. / Boissier, F. / Daignan-Fornier, B. / Dautant, A.
#1: ジャーナル: Genetics / 年: 2008
タイトル: Lethal Accumulation of Guanylic Nucleotides in Saccharomyces Cerevisiae Hpt1-Deregulated Mutants.
著者: Breton, A. / Pinson, B. / Coulpier, F. / Giraud, M. / Dautant, A. / Daignan-Fornier, B.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3167
ポリマ－50,4472
非ポリマー8695
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-19.5 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.577, 77.521, 56.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9848, 0.01737, 0.173), (0.01829, -0.9998, -0.003695), (0.1729, 0.006802, -0.9849)
ベクター: -2.286, -20.26, 28.42)

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要素

#1: タンパク質 HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / BYPASS OF REPRESSION BY ADENINE PROTEIN 6 / HGPRTASE / HGPRT


分子量: 25223.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: Y1846 / プラスミド: PET-21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q04178, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30% PEG 4000, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.21 Å / Num. obs: 39543 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JKY

2jky


解像度: 1.8→28.214 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2058 1994 5 %
Rwork0.1669 --
obs0.1689 39543 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.25 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3246 Å20 Å20.1616 Å2
2---0.0939 Å2-0 Å2
3----0.2307 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 0 57 475 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.924608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1011249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.801-1.8460.24661390.21992734X-RAY DIFFRACTION98
1.846-1.89590.28491510.22312712X-RAY DIFFRACTION98
1.8959-1.95170.25131320.21162732X-RAY DIFFRACTION98
1.9517-2.01470.21361490.18922711X-RAY DIFFRACTION98
2.0147-2.08670.22931490.17662723X-RAY DIFFRACTION98
2.0867-2.17020.22771430.16712710X-RAY DIFFRACTION97
2.1702-2.26890.18971680.16462667X-RAY DIFFRACTION97
2.2689-2.38850.19871350.15682686X-RAY DIFFRACTION97
2.3885-2.5380.20311630.15882655X-RAY DIFFRACTION96
2.538-2.73390.19931210.15822704X-RAY DIFFRACTION96
2.7339-3.00870.22581330.15892684X-RAY DIFFRACTION95
3.0087-3.44340.19471310.15152650X-RAY DIFFRACTION95
3.4434-4.33580.15371300.13412603X-RAY DIFFRACTION92
4.3358-28.21780.20391500.17092578X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3693-0.03520.07871.00980.05810.9970.0294-0.0936-0.02170.0065-0.05250.0518-0.0825-0.03860.00030.054-0.01-0.00910.08510.01440.0855-3.8477-0.702221.5939
20.521-0.0946-0.1771.2616-0.01530.96180.03640.07-0.025-0.2972-0.06460.04970.2274-0.0487-0.03070.20780.0293-0.00210.08490.00620.0747-2.4059-19.73236.5278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:217)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 1:217)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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