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- PDB-2jjv: Structure of human signal regulatory protein (sirp) beta(2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jjv
タイトルStructure of human signal regulatory protein (sirp) beta(2)
要素SIGNAL-REGULATORY PROTEIN BETA 1.
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / SIGNAL REGULATORY PROTEIN BETA / SIRP / SIRPB2 / PAIRED RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal-regulatory protein beta-1 isoform 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hatherley, D. / Graham, S.C. / Turner, J. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Barclay, A.N.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Paired Receptor Specificity Explained by Structures of Signal Regulatory Proteins Alone and Complexed with Cd47.
著者: Hatherley, D. / Graham, S.C. / Turner, J. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Barclay, A.N.
履歴
登録2008年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL-REGULATORY PROTEIN BETA 1.
B: SIGNAL-REGULATORY PROTEIN BETA 1.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6417
ポリマ－28,2222
非ポリマー4205
水2,504139
1
A: SIGNAL-REGULATORY PROTEIN BETA 1.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2072
ポリマ－14,1111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SIGNAL-REGULATORY PROTEIN BETA 1.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4345
ポリマ－14,1111
非ポリマー3244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.979, 47.490, 40.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 SIGNAL-REGULATORY PROTEIN BETA 1. / SIRP BETA 2


分子量: 14110.844 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL ECTODOMAIN, RESIDUES 30-148 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2 ISOFORMS PRODUCED BY ALTERNATIVE SPLICING. IN THIS ENTRY ISOFORM 1 (O00241-1) IS PRESENT
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q5TFQ8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS FOR THE MATURE PROTEIN (LACKING N- TERMINAL 29 AMINO ACID SIGNAL SEQUENCE). C- ...RESIDUE NUMBERING IS FOR THE MATURE PROTEIN (LACKING N- TERMINAL 29 AMINO ACID SIGNAL SEQUENCE). C-TERMINAL PURIFICATION TAG (TRHHHHHH) IS ADDED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 300 NL 25 MG/ML SIRP BETA PLUS 100 NL RESERVOIR (3.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M MES PH 6.0) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL OF RESERVOIR AT 20.5 C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19509 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 15.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UV3 CHAIN A

2uv3


解像度: 1.8→57.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.741 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B VALUES INCLUDE TLS CONTRIBUTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1002 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 18506 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20.02 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→57.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 21 139 1858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9632511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7523.0043006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3095244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.9462370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.16515291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5091513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.21259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23821244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65231912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6044711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9326594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 61
Rwork0.175 1074
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50320.34871.86712.1864-0.10242.18790.1611-0.0673-0.2754-0.36560.12510.40790.2111-0.2244-0.28620.0582-0.0379-0.1065-0.00630.03490.03167.19634.2077.537
24.3411-1.30692.02886.9772.56617.6564-0.0047-0.8886-0.69880.20990.01690.51990.779-0.8476-0.0123-0.0383-0.13740.03080.1830.07580.0193-1.17435.53115.398
34.12260.73240.61094.4159-0.67242.45880.1708-0.3715-0.3301-0.24040.09670.43030.2365-0.2017-0.26750.0285-0.057-0.1140.05720.06530.04346.02434.53510.834
44.0097-1.2941.304617.5473-5.22275.95530.0629-0.0099-0.2626-0.59490.2540.26510.2819-0.0292-0.3168-0.0316-0.0178-0.10680.0513-0.02040.024711.2433.7837.707
51.21220.5412-0.89031.4599-0.80492.0475-0.0620.12920.0784-0.13940.05260.03350.0778-0.13540.00950.1024-0.0069-0.00610.0288-0.0020.003922.25949.43611.906
62.21961.09990.16415.08090.77943.42420.04760.002-0.0699-0.047-0.0428-0.42050.25940.1062-0.00470.04260.02890.0057-0.0020.01330.028633.91147.53715.453
70.4869-0.2708-0.02281.3305-0.18180.83270.02010.0627-0.018-0.043-0.0849-0.10790.03680.02840.06480.07950.0050.00870.01930.003-0.009625.79339.74214.276
81.61980.3793-0.90862.2337-1.26995.4511-0.01-0.00850.0152-0.0435-0.0234-0.19210.10440.24890.03340.1001-0.0024-0.0090.0190.0060.054630.36951.78114.346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4A100 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6B36 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7B55 - 84
8X-RAY DIFFRACTION8B85 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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