PDB-2jjt: Structure of human CD47 in complex with human signal regulatory p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jjt

タイトル

Structure of human CD47 in complex with human signal regulatory protein (SIRP) alpha

要素

LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1

キーワード

CELL ADHESION / SIGNAL REGULATORY PROTEIN ALPHA / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / PAIRED RECEPTOR / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / ALTERNATIVE SPLICING / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / SIRP / CD47 / SIRPA / MEMBRANE / SH3-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of I-kappaB phosphorylation / cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of type II interferon production ...negative regulation of I-kappaB phosphorylation / cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of type II interferon production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of interleukin-10 production / positive regulation of cell-cell adhesion / ATP export / protein antigen binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of JNK cascade / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / negative regulation of phagocytosis / Signal regulatory protein family interactions / thrombospondin receptor activity / negative regulation of interleukin-6 production / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of protein phosphorylation / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of inflammatory response / SH3 domain binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of T cell activation / cell migration / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / cell adhesion / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / apoptotic process / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hatherley, D. / Graham, S.C. / Turner, J. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Barclay, A.N.

引用

ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2008
タイトル: Paired receptor specificity explained by structures of signal regulatory proteins alone and complexed with CD47.
著者: Hatherley, D. / Graham, S.C. / Turner, J. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Barclay, A.N.

履歴

登録	2008年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Structure summary カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct / struct_biol / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.0	2020年3月11日	Group: Data collection / Other / Polymer sequence カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2jjsSC 2jjuC 2jjvC 2jjwC 2vscC 2uv3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m2c-4 6ghq-d 1uxz-d 1xt0-d 1uyy-d 4zn3-d 2p3p-1 3wtf-d 2rsp-d 4j09-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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フィブリン (Fibrin)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1

B: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1

C: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47

D: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47

ヘテロ分子

58.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1

C: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1

D: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.620, 63.720, 123.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	1	A	A	4 - 23	4 - 23
2	1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	1	B	B	4 - 23	4 - 23
1	2	1	HIS	HIS	THR	THR	3	A	A	24 - 26	24 - 26
2	2	1	HIS	HIS	THR	THR	3	B	B	24 - 26	24 - 26
1	3	1	VAL	VAL	PHE	PHE	1	A	A	27 - 39	27 - 39
2	3	1	VAL	VAL	PHE	PHE	1	B	B	27 - 39	27 - 39
1	4	1	LEU	LEU	GLN	GLN	1	A	A	48 - 52	48 - 52
2	4	1	LEU	LEU	GLN	GLN	1	B	B	48 - 52	48 - 52
1	5	1	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	59 - 60	59 - 60
2	5	1	ARG	ARG	VAL	VAL	1	B	B	59 - 60	59 - 60
1	6	1	THR	THR	THR	THR	3	A	A	61 - 62	61 - 62
2	6	1	THR	THR	THR	THR	3	B	B	61 - 62	61 - 62
1	7	1	VAL	VAL	THR	THR	1	A	A	63 - 67	63 - 67
2	7	1	VAL	VAL	THR	THR	1	B	B	63 - 67	63 - 67
1	8	1	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	68	68
2	8	1	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	68	68
1	9	1	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	69 - 113	69 - 113
2	9	1	ARG	ARG	VAL	VAL	1	B	B	69 - 113	69 - 113
1	1	2	PCA	PCA	GLU	GLU	1	C	C	1 - 11	1 - 11
2	1	2	PCA	PCA	GLU	GLU	1	D	D	1 - 11	1 - 11
1	2	2	PHE	PHE	VAL	VAL	3	C	C	12 - 19	12 - 19
2	2	2	PHE	PHE	VAL	VAL	3	D	D	12 - 19	12 - 19
1	3	2	VAL	VAL	ALA	ALA	1	C	C	20 - 30	20 - 30
2	3	2	VAL	VAL	ALA	ALA	1	D	D	20 - 30	20 - 30
1	4	2	GLN	GLN	ASN	ASN	3	C	C	31 - 32	31 - 32
2	4	2	GLN	GLN	ASN	ASN	3	D	D	31 - 32	31 - 32
1	5	2	THR	THR	LEU	LEU	1	C	C	33 - 54	33 - 54
2	5	2	THR	THR	LEU	LEU	1	D	D	33 - 54	33 - 54
1	6	2	ASN	ASN	ASN	ASN	3	C	C	55	55
2	6	2	ASN	ASN	ASN	ASN	3	D	D	55	55
1	7	2	LYS	LYS	ASP	ASP	1	C	C	56 - 83	56 - 83
2	7	2	LYS	LYS	ASP	ASP	1	D	D	56 - 83	56 - 83
1	8	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	84	84
2	8	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	D	D	84	84
1	9	2	SER	SER	GLY	GLY	1	C	C	85 - 92	85 - 92
2	9	2	SER	SER	GLY	GLY	1	D	D	85 - 92	85 - 92
1	10	2	ASN	ASN	ASN	ASN	3	C	C	93	93
2	10	2	ASN	ASN	ASN	ASN	3	D	D	93	93
1	11	2	TYR	TYR	CYS	CYS	1	C	C	94 - 96	94 - 96
2	11	2	TYR	TYR	CYS	CYS	1	D	D	94 - 96	94 - 96
1	12	2	GLU	GLU	GLU	GLU	3	C	C	97	97
2	12	2	GLU	GLU	GLU	GLU	3	D	D	97	97
1	13	2	VAL	VAL	ARG	ARG	1	C	C	98 - 114	98 - 114
2	13	2	VAL	VAL	ARG	ARG	1	D	D	98 - 114	98 - 114

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1 / SIRP ALPHA / SHP SUBSTRATE 1 / SHPS-1 / INHIBITORY RECEPTOR SHPS-1 / SIGNAL REGULATORY PROTEIN ...

分子量: 13919.563 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL ECTODOMAIN, RESIDUES 31-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主:

CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: P78324

#2: 抗体

LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47 / CD47 / INTEGRIN-ASSOCIATED PROTEIN / IAP / ANTIGENIC SURFACE DETERMINANT PROTEIN OA3 / PROTEIN MER6

分子量: 14518.302 Da / 分子数: 2
断片: IMMUNOGLOBULIN-SUPERFAMILY ECTODOMAIN, RESIDUES 19-136
Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主:

CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q08722

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 33 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 33 TO GLY

Has protein modification

Y

配列の詳細

SIRP ALPHA (CHAINS A AND B) RESIDUE NUMBERING IS FOR THE MATURE PROTEIN (LACKING N-TERMINAL 30 ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.4 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 278 K / pH: 5 詳細: 100 NL SIRP ALPHA / CD47 COMPLEX (1:1 RATIO, EACH PROTEIN AT APPROX. 0.375 UM) PLUS 100 NL RESERVOIR (0.1 M CITRATE PH 5.0, 30% W/V PEG 3000) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL OF RESERVOIR AT 5 C.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 19339 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 31.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JJS CHAINS A AND C

2jjs

解像度: 2.3→26.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 22.284 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.542 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B VALUES INCLUDE TLS CONTRIBUTIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	989	5.1 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.238	18293	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	84	43	3633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.986	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.821	3.003	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.564	5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.081	24.828	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.749	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.203	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.168	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.322	1.5	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.465	2	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.842	3	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.266	4.5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1169	tight positional	0.03	0.05
2	C	1401	tight positional	0.03	0.05
1	A	40	loose positional	0.83	5
2	C	91	loose positional	1.44	5
1	A	1169	tight thermal	0.05	0.5
2	C	1401	tight thermal	0.06	0.5
1	A	40	loose thermal	0.64	10
2	C	91	loose thermal	0.64	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.35	59
R_work	0.292	1306

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0327	1.5186	-1.8208	3.0292	1.2215	5.4104	-0.0211	-0.3348	0.0541	0.1699	0.236	-0.0604	0.2446	0.1196	-0.2149	-0.1426	0.0581	-0.0133	0.0147	-0.0787	-0.0909	-4.0757	-16.1226	-38.2919
2	5.7643	-0.55	-2.4354	2.6731	-0.6759	5.3597	-0.3086	0.7178	-0.4818	-0.1137	0.2465	-0.1926	0.422	-0.1562	0.0621	-0.1052	-0.0604	0.0457	-0.0266	-0.0713	-0.0937	13.8602	-14.8264	-21.9409
3	6.3671	-0.5627	-0.6866	0.9314	0.244	2.0994	-0.0618	-0.0893	-0.0078	-0.0287	-0.0224	-0.0454	-0.0134	0.4001	0.0843	-0.0922	-0.0585	0.0308	-0.0396	-0.0352	-0.1014	20.267	-12.713	-50.1739
4	4.6133	0.9536	-0.9421	1.2348	-0.5443	3.2757	-0.1102	0.3007	-0.0011	0.0095	0.0644	0.1352	0.2217	-0.2965	0.0459	-0.1082	0.0082	0.0222	-0.2033	0.0138	-0.1582	-9.8945	-10.6325	-10.3089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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