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- PDB-2jjl: Structure of avian reovirus sigmaC117-326, P321 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jjl
タイトルStructure of avian reovirus sigmaC117-326, P321 crystal form
要素SIGMA-C CAPSID PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / ALPHA-HELICAL COILED COIL / RECEPTOR-BINDING / TRIPLE BETA-SPIRAL / VIRION / COILED COIL / BETA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) - #40 / Reovirus sigma C capsid protein, C-terminal / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / Reovirus sigma C capsid protein C-terminal domain / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Laminin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) - #40 / Reovirus sigma C capsid protein, C-terminal / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / Reovirus sigma C capsid protein C-terminal domain / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Laminin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma-C capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種AVIAN REOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Llamas-Saiz, A.L. / Benavente, J. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: J. Gen. Virol. / 年: 2009
タイトル: Crystallographic structure of the alpha-helical triple coiled-coil domain of avian reovirus S1133 fibre.
著者: Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Llamas-Saiz, A.L. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization of the C-Terminal Globular Domain of Avian Reovirus Fibre.
著者: van Raaij, M.J. / Hermo-Parrado, X.L. / Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Llamas-Saiz, A.L. / Costas, C. / Martinez-Costas, J. / Benavente, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the Carboxy-Terminal Receptor-Binding Domain of Avian Reovirus Fibre Sigmac.
著者: Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Hermo-Parrado, X.L. / Llamas-Saiz, A.L. / Costas, C. / Martinez-Costas, J. / Benavente, J. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9507
ポリマ－22,5871
非ポリマー3636
水3,639202
1
A: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子

A: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子

A: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,85121
ポリマ－67,7613
非ポリマー1,09018
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12620 Å2
ΔGint-100.8 kcal/mol
Surface area31650 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.657, 77.657, 121.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1327-

CL

21A-1328-

CL

31A-1330-

ZN

41A-1331-

ZN

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要素

#1: タンパク質 SIGMA-C CAPSID PROTEIN / SIGMA-3 PROTEIN


分子量: 22587.023 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 117-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AVIAN REOVIRUS (ウイルス) / 株: S1133
解説: THE AVIAN REOVIRUS STRAIN S1133 WAS ORIGINALLY PROVIDED BY DR. PHILIP I.MARCUS WHEN DR. J.BENAVENTE WAS A ROCHE VISITING SCIENTIST IN THE LABORATORY OF DR. A.SHATKIN
プラスミド: PET28C-PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q992I2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST RESIDUE, ILE-116, IS A REMNANT OF THE EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.4
詳細: 0.6-0.75 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.4, 25% GLYCEROL, 50 MM ZINC SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.984
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月3日 / 詳細: RD COATED FLAT AND TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19318 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 52.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHAIN C OF PDB ENTRY 2VRS

2vrs


解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.7 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1514 7.9 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 17714 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å21.1 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----3.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 0 10 202 1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9462157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4995206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86423.38565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09515243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6441511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.22551056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.85271666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.17110594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.86215491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.46 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.301 268
Rwork0.216 3116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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