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- PDB-2jj8: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jj8
タイトルStructural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase
要素DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION / SALVAGE PATHWAY / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-azido-3'-deoxythymidine / Deoxynucleoside kinase
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase.
著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
履歴
登録2008年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,46416
ポリマ－107,6274
非ポリマー1,83712
水1,00956
1
A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7328
ポリマ－53,8132
非ポリマー9196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-103.8 kcal/mol
Surface area16930 Å2
手法PISA
2
C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7328
ポリマ－53,8132
非ポリマー9196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area16680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.031, 111.868, 71.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 12 - 208 / Label seq-ID: 12 - 208

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9411, -0.01048, 0.338), (-0.008932, -0.9984, -0.05584), (0.338, -0.05557, 0.9395)
ベクター: 33.57, -6.86, -6.112)

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要素

#1: タンパク質
DEOXYNUCLEOSIDE KINASE / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / DM-DNK


分子量: 26906.707 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XZT6, deoxynucleoside kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-AZZ / 3'-azido-3'-deoxythymidine / Azidothymidine / Zidovudine / ジドブジン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 26596 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.271 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1411 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.237 26596 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6045 0 116 56 6217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9758518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2875724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48924.49294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.538151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4871529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3580.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4550.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6081.53669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15625939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47332625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4074.52579
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1427 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.040.05
2Btight positional0.040.05
3Ctight positional0.040.05
4Dtight positional0.040.05
1Atight thermal0.090.5
2Btight thermal0.10.5
3Ctight thermal0.090.5
4Dtight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.307 87
Rwork0.298 1900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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