PDB-2jij: Crystal structure of the apo form of Chlamydomonas reinhardtii pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jij

タイトル

Crystal structure of the apo form of Chlamydomonas reinhardtii prolyl- 4 hydroxylase type I

要素

PROLYL-4 HYDROXYLASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Koski, M.K. / Hieta, R. / Bollner, C. / Kivirikko, K.I. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Active Site of an Algal Prolyl 4-Hydroxylase Has a Large Structural Plasticity.
著者: Koski, M.K. / Hieta, R. / Bollner, C. / Kivirikko, K.I. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2007年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jij.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jij.ent.gz	97.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jij_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jij_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	2jij_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	2jij_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/2jij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/2jij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jigC 2v4aSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wns-d 4gky-d 6mh0-2 4jpq-1 4jwf-1 2v4a-3 3rii-2 5i93-d 7nbj-3 5zge-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROLYL-4 HYDROXYLASE

B: PROLYL-4 HYDROXYLASE

C: PROLYL-4 HYDROXYLASE

ヘテロ分子

78.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROLYL-4 HYDROXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PROLYL-4 HYDROXYLASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PROLYL-4 HYDROXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.320, 117.460, 72.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	28 - 32	8 - 12
2	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	28 - 32	8 - 12
3	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	28 - 32	8 - 12
1	2	TRP	TRP	MET	MET	A	A	38 - 74	18 - 54
2	2	TRP	TRP	MET	MET	B	B	38 - 74	18 - 54
3	2	TRP	TRP	MET	MET	C	C	38 - 74	18 - 54
1	3	THR	THR	HIS	HIS	A	A	96 - 133	76 - 113
2	3	THR	THR	HIS	HIS	B	B	96 - 133	76 - 113
3	3	THR	THR	HIS	HIS	C	C	96 - 133	76 - 113
1	4	ASP	ASP	THR	THR	A	A	149 - 171	129 - 151
2	4	ASP	ASP	THR	THR	B	B	149 - 171	129 - 151
3	4	ASP	ASP	THR	THR	C	C	149 - 171	129 - 151
1	5	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	177 - 187	157 - 167
2	5	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	177 - 187	157 - 167
3	5	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	177 - 187	157 - 167
1	6	SER	SER	THR	THR	A	A	193 - 232	173 - 212
2	6	SER	SER	THR	THR	B	B	193 - 232	173 - 212
3	6	SER	SER	THR	THR	C	C	193 - 232	173 - 212
1	7	TRP	TRP	ILE	ILE	A	A	238 - 249	218 - 229
2	7	TRP	TRP	ILE	ILE	B	B	238 - 249	218 - 229
3	7	TRP	TRP	ILE	ILE	C	C	238 - 249	218 - 229

#1: タンパク質	PROLYL-4 HYDROXYLASE 分子量: 26149.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-TERMINALLY TRUNCATED CONSTRUCT STARTING FROM V29. CONTAINS ALSO N-TERMINAL HIS-TAG. 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 株: CC125MT137C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINALLY TRUNCATED CONSTRUCT STARTING FROM V29. ENGINEERED MUTATION T28M

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→35 Å / Num. obs: 69167 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0028	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V4A

2v4a

解像度: 2.9→33.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 32.955 / SU ML: 0.287 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	960	5.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	17898	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4640	0	2	31	4673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.949	6447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.57	5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.624	24.265	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.474	15	806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.872	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.318	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.49	1.5	2968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.855	2	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.025	3	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.595	4.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	664	tight positional	0.06	0.05
2	B	664	tight positional	0.05	0
3	C	664	tight positional	0.06	0
1	A	628	medium positional	0.07	0.5
2	B	628	medium positional	0.06	0
3	C	628	medium positional	0.07	0
1	A	664	tight thermal	0.11	0.5
2	B	664	tight thermal	0.11	0
3	C	664	tight thermal	0.11	0
1	A	628	medium thermal	0.13	2
2	B	628	medium thermal	0.12	0
3	C	628	medium thermal	0.11	0

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.363	76
R_work	0.304	1286

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1618	-0.8065	1.1088	3.0958	-0.7499	2.9744	-0.1395	-0.25	0.3629	0.182	0.0659	0.0729	-0.3931	-0.2778	0.0736	-0.1846	-0.0012	0.0081	-0.1637	0.015	-0.1824	17.1526	20.766	18.9913
2	4.1251	0.6524	-0.0502	3.4023	-1.508	2.5222	-0.1471	0.4024	-0.0526	-0.204	0.0939	-0.1818	0.1308	0.0918	0.0532	-0.1813	-0.0213	0.0073	-0.2138	-0.0138	-0.0973	47.3866	15.9213	9.7792
3	4.9405	-0.1367	0.7485	1.7419	0.0732	4.9853	0.0011	-0.5249	0.2438	0.302	-0.2672	-0.3116	-0.1199	0.3199	0.2661	-0.0142	-0.1354	-0.0171	0.0651	0.088	-0.1081	14.6902	5.3225	47.6934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 251
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	28 - 250
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	28 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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