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万見
- PDB-5i93: Structure of Mouse Acireductone dioxygenase with Ni2+ and 2-ketop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i93
タイトルStructure of Mouse Acireductone dioxygenase with Ni2+ and 2-ketopentanoic acid in the active site
要素1,2-dihydroxy-3-keto-5-methylthiopentene dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxovaleric acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) activity / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nickel cation binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / nucleus ...Methionine salvage pathway / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) activity / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nickel cation binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acireductone dioxygenase, eukaryotes / Acireductone dioxygenase ARD family / ARD/ARD' family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxopentanoic acid / NICKEL (II) ION / Acireductone dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.236 Å
データ登録者Deshpande, A.R. / Wagenpfeil, K. / Pochapsky, T.C. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM26788 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Metal-Dependent Function of a Mammalian Acireductone Dioxygenase.
著者: Deshpande, A.R. / Wagenpfeil, K. / Pochapsky, T.C. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,2-dihydroxy-3-keto-5-methylthiopentene dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7293
ポリマ－21,5551
非ポリマー1752
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.025, 79.025, 115.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 1,2-dihydroxy-3-keto-5-methylthiopentene dioxygenase / Acireductone dioxygenase (Fe(2+)-requiring) / Fe-ARD / Membrane-type 1 matrix metalloproteinase ...Acireductone dioxygenase (Fe(2+)-requiring) / Fe-ARD / Membrane-type 1 matrix metalloproteinase cytoplasmic tail-binding protein 1 / MTCBP-1


分子量: 21554.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adi1, Mtcbp1 / プラスミド: pMH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q99JT9, acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring]
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-69O / 2-oxopentanoic acid / 2-Ketopentanoic acid


分子量: 116.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 5.0% Glycerol, 19.0% iso-Propanol, 19.0% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 18013 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 26 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.034 / Net I/av σ(I): 43.5 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 469102
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.23-2.3117.70.311175.2
2.31-2.425.50.2761100
2.4-2.51260.2091100
2.51-2.6426.80.1661100
2.64-2.8127.50.1321100
2.81-3.0328.30.1031100
3.03-3.3328.20.0781100
3.33-3.8125.70.067187.3
3.81-4.827.30.061100
4.8-5025.20.047199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.64 Å31.68 Å
Translation6.64 Å31.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKv705bデータスケーリング
PHASERv1.9位相決定
PHENIXv1.9精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VR3

1vr3


解像度: 2.236→31.678 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2098 1786 10.01 %Random selection
Rwork0.1803 ---
obs0.1833 17844 97.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.54 Å2 / Biso mean: 29.3538 Å2 / Biso min: 14.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.236→31.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 0 16 211 1711
Biso mean--37.86 36.57 -
残基数----179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9532148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.811610
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2359-2.29640.48881160.45641047116384
2.2964-2.36390.25711370.227212311368100
2.3639-2.44020.20841370.176712351372100
2.4402-2.52740.21861380.171612461384100
2.5274-2.62850.22361390.167712531392100
2.6285-2.74810.25331380.169412431381100
2.7481-2.89290.21051390.170612461385100
2.8929-3.0740.18661400.176612541394100
3.074-3.31110.21981400.177712691409100
3.3111-3.64390.17261310.1551161129299
3.6439-4.17010.20291310.16011178130992
4.1701-5.25010.13551440.144613071451100
5.2501-31.68070.21831560.186113881544100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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