[日本語] English
万見
- PDB-1vr3: Crystal structure of Acireductone dioxygenase (13543033) from Mus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vr3
タイトルCrystal structure of Acireductone dioxygenase (13543033) from Mus musculus at 2.06 A resolution
要素Acireductone dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 13543033 / ACIREDUCTONE DIOXYGENASE / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) activity / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nickel cation binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / nucleus ...Methionine salvage pathway / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) activity / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nickel cation binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acireductone dioxygenase, eukaryotes / Acireductone dioxygenase ARD family / ARD/ARD' family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / NICKEL (II) ION / Unknown ligand / Acireductone dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of acireductone dioxygenase (ARD) from Mus musculus at 2.06 angstrom resolution.
著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / Krishna, S.S. / McMullan, D. / Agarwalla, S. / Quijano, K. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Elsliger, M.A. / ...著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / Krishna, S.S. / McMullan, D. / Agarwalla, S. / Quijano, K. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Elsliger, M.A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / DiDonato, M. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Reyes, R. / Rife, C. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / White, A. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acireductone dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6044
ポリマ－23,4851
非ポリマー1193
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.136, 79.136, 114.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Acireductone dioxygenase


分子量: 23485.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99JT9, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.6
詳細: 5.0% Glycerol, 19.0% iso-Propanol, 19.0% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979735,0.979562,0.956885
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月10日 / 詳細: fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9797351
20.9795621
30.9568851
反射解像度: 2.06→28.54 Å / Num. obs: 23148 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 43.37 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3314 / Rsym value: 0.864 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALA5.0)データスケーリング
autoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.06→28.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.439 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.115
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE IDENTITY OF THE METAL BOUND IS UNKNOWN. IT WAS TENTATIVELY ASSIGNED AS A NICKLE. BASED ON INFORMATION OF HOMOLOGOUS PROTEINS, IT ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE IDENTITY OF THE METAL BOUND IS UNKNOWN. IT WAS TENTATIVELY ASSIGNED AS A NICKLE. BASED ON INFORMATION OF HOMOLOGOUS PROTEINS, IT COULD BE NI2+ OR FE2+. HOWEVER, IT COULD BE ALSO OTHER METALS. 3. SUSPICIOUS DENSITIES: NEAR THR11, IT WAS MODELLED AS A WATER WAT136; ANOTHER DENSITY IN THE ACTIVE SITE WAS MODELLED AS UNKNOWN LIGAND, UNL. THE UNL INTERACTS WITH THE UNKNOWN METAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19532 1183 5.1 %RANDOM
Rwork0.16229 ---
obs0.16387 21908 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→28.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 0 14 169 1667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9492143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79933295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4255178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21623.18288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93515284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4331516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2919
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1070.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8873940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.63357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.50451479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0338761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.38211664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2758
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.114 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 91 5.43 %
Rwork0.243 1585 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.816 Å / Origin y: 14.8274 Å / Origin z: 49.5691 Å
111213212223313233
T-0.1005 Å20.0133 Å20.0167 Å2--0.0814 Å2-0.0269 Å2---0.0741 Å2
L2.4355 °2-0.1448 °2-1.1836 °2-0.8176 °20.2589 °2--1.8039 °2
S0.003 Å °-0.0569 Å °-0.0636 Å °0.0065 Å °0.0336 Å °-0.0037 Å °-0.0112 Å °0.1229 Å °-0.0366 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る